衢州博物馆位于孔子南宗家庙的东侧，从南孔家庙出来后，走进博物馆参观。来到中空大厅，迎面墙壁上为一幅巨型铜雕壁画，名为天地大棋盘，由铜雕大师朱炳仁主持制作。棋盘高17.99米，宽12.99米，寓意衢州文化和精神天长地久。
参观了馆藏新征集文物和婺州窑古瓷展，来到主题为“万年衢州”的衢州历史文化陈列，它也是博物馆的主展。
衢州古称姑蔑、大末、信安，唐初因境内三衢山而得名衢，素有四省通衢之美誉。衢州地处钱塘江上游，葱洞遗址将它的历史推到一万年前，商周时属扬州姑蔑之地。秦王政二十五年（前222），大末县的设立，正式开启了衢州建县的历史。东汉末年设新安县、定阳县，唐武德四年（621），于信安县设州，因境内三衢山而称衢州，亦有八方通衢之意，此名一直沿用至今。
两宋时期，随着全国经济中心的南移，衢州的政治、经济、文化获得空前的繁荣。南宋时期，随着圣裔南迁，众多理学大家汇聚，衢州更是人文荟萃，被誉为“东南阙里”。
衢州所处的地理位置决定了衢州军事重镇的地位，自春秋战国以来的两千四百年间，这里曾发生过数以百计的战争，为兵家必争之地。明清时期，衢州作为东南军事重镇的地位日益显现，平“三藩之乱”后，衢州有了“铁城”之称。
交通的兴盛也推动了本地商人的涌现，明代中叶以后，龙游商帮逐渐走向历史舞台，并在全国珠宝与纸、书等行业中占据重要的、甚至垄断性的地位，留下“遍地龙游”的赞誉。
孔氏南宗家庙遗址发掘展的主题为“南孔圣地，儒风浩荡”，当考古探铲叩开历史的封土层，人们不仅发现了建筑基址、礼器遗存，更触摸到儒学南传进程中生生不息的精神脉动，它们共同编织成一部可触可感的儒学江南叙事诗。
衍圣公孔端友及其族人赐家衢州后，于绍兴六年（1136）暂以府山西南麓衢州州学为家庙，此后近九百年间，家庙曾三迁其中，分别为菱湖家庙、城南家庙和新桥街家庙。1998年，衢州开展孔氏南宗家庙的修葺与复建工作，并先行启动考古发掘，发掘的遗址为始建于明正德年间的新桥街家庙，重现了“庙宅合一”的礼制密码，重绘了儒学南渡的轨迹。
“风雅，是我的底色，也是我在这纷乱世间，清辉自守的一方净土”。
主题为“不止风雅”的史绳祖的精神世界展，以第一人称的方式，带领观者窥探到这位南宋士大夫的浩然正气。史绳祖生在南宋末年，虽以文翰立身，却多次在抗击蒙古铁骑中出生入死、建功立业。晚年寓居衢州，笃志强学，著书丰硕。