环境DNA是指生物在水体中自然释放的微量遗传物质,例如皮肤细胞、黏液或排泄物。通过分析水样中的eDNA并与数据库对比,科学家无需直接捕捞或观察生物,便可判断某一水域中存在哪些物种。这种方法在海洋生态监测和生物多样性保护中具有重要意义,但在实际应用中,由于海水中DNA含量极低,传统滤膜往往难以实现高效捕获。
为解决这一问题,研究团队在常见滤膜表面覆上一层薄的金属相的二硫化钼(MoS2)纳米片,使滤膜能够更有效地“抓住”水体中的DNA。实验结果表明,这种新型滤膜在实验室条件和实际现场测试中,均能显著提升鱼类eDNA的检测灵敏度。
合成
研究者采用两步法构筑二维层状膜结构: 首先,通过电化学锂离子插层-剥离策略制备高质量单层MoS2纳米片; 随后,利用真空抽滤将纳米片在多孔基底上有序逐层堆叠形成膜结构。所制备膜的厚度可通过调控参与抽滤的纳米片质量实现精确可控。
(a)剥离MoS2纳米片的TEM形貌图以及溶液的照片;(b)对应的AFM形貌图;(c)抽滤制备MoS2膜的光学照片;(d)对应的截面SEM图。
eDNA监测能力
为评估MoS2纳米层涂覆对eDNA宏条形码检测灵敏度的影响,构建鱼类DNA模拟群落并分别采用M0(基膜)与M1(涂覆了MoS2)膜过滤分析。各样品平均获得约130 万条有效读段,稀释曲线趋于平台,测序深度充足。两种膜均可检测到全部物种,目标序列占比超过84%。相比M0,M1膜对低丰度DNA(0.1 ng)的检测概率显著提高(0.98 vs. 0.50,p = 0.023),而对高丰度DNA无明显差异。序列丰度与DNA含量呈良好线性相关,M1的相关性更优(R² = 0.8879)。吸附实验表明,MoS2涂层使 DNA 最大吸附容量提升约130%,从而增强 eDNA 检测灵敏度。
(a)实验室水族箱水样经不同厚度MoS2涂覆的MCE膜(M0–M3)过滤并进行eDNA 测序分析;(b)不同海洋鱼类DNA构建的模拟群落经M0和M1膜检测,基于10次重复统计各物种的检出情况,并按DNA投入量分组计算检测概率;(c)模拟群落实验中,检测到的相对序列丰度(对数)与投入的相对DNA含量(对数)之间的线性回归关系。
机制分析
基于不同DNA碱基在1T′-MoS2表面的最稳定吸附构型,对其总态密度(TDOS)进行了比较分析。结果表明,吸附后TDOS仅发生能级偏移,整体分布特征保持不变,说明DNA碱基与1T′-MoS2之间未形成化学键。进一步的电子局域函数(ELF)分析显示,G、A、T和C碱基与1T′-MoS2之间仅存在极弱的电子局域化,无论吸附构型如何,其相互作用主要来源于范德华作用。相应的结合能位于-0.23至-0.65 eV 范围内,符合范德华相互作用特征。相比石墨烯和BN等低维材料,1T′-MoS2更低的结合能表明其在DNA 基团检测方面具有更高潜力。
(a)1T′-MoS2表面吸附G、A、T和C碱基时的电子局域函数(ELF);(b)1T′-MoS₂ 吸附不同DNA碱基时的总态密度(TDOS)演化情况;(c)G、A、T和C碱基在1T′-MoS2上的TDOS能带偏移及其结合能。
这项成果发表于《国家科学评论》(National Science Review, NSR),香港城市大学博士后梅亮(刚入职华南理工大学)、香港浸会大学博士后候俊铭(刚入职澳门科技大学)、香港城市大学博士后孙明子为论文第一作者,香港城市大学梁美仪, 曾志远,黄勃龙与香港浸会大学邱建文为论文通讯作者。