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Science：细胞图谱解析"第二大脑"区域编码，破译肠神经如何响应菌群和炎症并影响肠道功能
Science——[45.8]
① 研究对象与方法设计：研究通过单核RNA测序（snRNA-seq）和腺相关病毒（AAV）介导的基因敲除技术，分析了无菌、食物过敏及寄生虫感染小鼠模型中肠神经系统（ENS）在不同肠道区域的响应。② 核心发现：发现ENS存在区域特异性编码机制，其神经元亚型通过协调变化适应微生物群和2型炎症，关键基因Edf1和Mitf调控抑制性运动神经元状态及肠道传输时间。③ 区域多样性发现：ENS神经元在小肠与结肠呈现功能特异性，如抑制性运动神经元（PIMN）在小肠以Aldh1a3+状态为主，结肠则以Bglap+状态为主，且微生物定植可调控这种区域差异。④ 感觉神经元响应机制：感觉神经元（PSN）亚型通过表达特定受体（如Nmu、Grp）响应微生物和炎症信号，其中Nmu+神经元对IL-13、白三烯高度敏感，其丰度随微生物多样性和过敏反应动态变化。⑤ 基因调控与功能验证：AAV-Perturb-seq筛选揭示Edf1和Mitf是PIMN分化轨迹的关键调控因子，敲除Edf1会扩增Bglap+神经元并延长肠道传输，而敲除Mitf则扩增Dcc+神经元并加速传输，直接关联神经元状态与肠道生理功能。
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Regional encoding of enteric nervous system responses to microbiota and type 2 inflammation
2025-10-30 , doi: 10.1126/science.adr3545
Cell子刊：工程菌在肠道内持续产药，平稳对抗帕金森病
Cell Host and Microbe——[18.7]
① 研究对象与方法：以大肠杆菌Nissle 1917（EcN）为底盘构建能持续生产帕金森病（PD）药物左旋多巴（L-DOPA）的工程菌（EcNL-DOPA²），并在PD动物模型中验证其疗效与安全性。② 核心成果：该工程菌能以非脉冲方式持续递送L-DOPA，稳定血药浓度并提升脑内多巴胺，改善动物模型的运动与非运动缺陷，且安全耐受性良好。③ 肠道菌株释放机制：该菌在肠道短暂停留（48小时内清除），通过整合的hpaBC基因将内源性酪氨酸转化为L-DOPA；虽生产过程依赖氧气，但体外预激活可确保其在肠道低氧环境下持续产药。④ 药代动力学优势：相较于传统化学L-DOPA，该疗法血药浓度更平稳，平均滞留时间更长，其在犬模型中的血浆浓度波动指数仅为0.29，远低于现有临床口服制剂，显示出持续递送的潜力。⑤ 中枢神经递质提升：单次给药可持续提升PD模型小鼠脑纹状体多巴胺水平达48小时（化学L-DOPA仅8小时），并在犬模型中显著提高脑脊液L-DOPA浓度，证实药物从肠道成功递送到大脑。⑥ 动物模型疗效显著：在MitoPark和6-OHDA两种互补的PD小鼠模型中，长期服用该菌株能有效改善运动协调、平衡能力及抑郁样行为。⑦ 安全且具转化潜力：长期给药在小鼠和犬中均未引起明显毒副作用或持久的菌群紊乱；犬模型稳定的药代动力学数据支持了可预测人体的半生理学模型构建，为临床转化奠定基础。
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Bioengineered gut bacterium synthesizing levodopa alleviates motor deficits in models of Parkinson’s disease
2025-10-30 , doi: 10.1016/j.chom.2025.10.005
NC：早期肠道菌群如何"编程"儿童未来的心理健康？
Nature Communications——[15.7]
① 研究设计：本研究通过纵向追踪，分析55名儿童2岁时肠道菌群、6岁时脑功能连接与7.5岁时内化症状间的关联。② 核心发现：儿童2岁时的特定肠道菌群成员（如梭菌目），能通过影响6岁时大脑情绪网络的功能连接，间接预测7.5岁的内化症状，提示菌群对心理健康的早期编程效应。③ 菌群-大脑关联：以韦荣球菌属等丰度增高为特征的菌群组合，与大脑情绪处理网络（SOFA网络）的连接增强显著相关，而这种过度连接正是预测内化症状的关键脑特征；2岁时具有更高菌群多样性的儿童，在6岁时也表现出更强的SOFA网络连接。④ 关键中介通路：统计模型证实，大脑功能连接（6岁时的SOFA网络连接）是连接“早期菌群”与“后期心理症状”的关键桥梁，清晰地描绘出一条“菌群-大脑-行为”的影响路径。⑤ 科学意义：该研究为理解内化问题的神经发育起源提供了新证据，表明早期肠道菌群是儿童心理健康预防与干预的潜在生物标志物与新靶点。
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Childhood gut microbiome is linked to internalizing symptoms at school age via the functional connectome
2025-10-30 , doi: 10.1038/s41467-025-64988-6
认知衰退，肠道早知道？
Alzheimer's and Dementia——[11.1]
① 研究设计：本研究对从健康到痴呆不同认知阶段的人群，整合血浆与粪便多组学数据，探究认知衰退中肠道菌群、代谢物及炎症因子的动态变化。② 核心发现：肠道菌群失调、系统性炎症与代谢紊乱三者紧密关联，且这些改变在主观认知下降（SCD）的极早期阶段便已显现。③ 菌群失衡：随认知障碍加重，产短链脂肪酸（SCFA）的有益菌减少，而变形菌门、疣微菌门等促炎菌群及机会性病原体则显著增加。④ 肠道代谢先于血浆：在SCD阶段，粪便中的胆汁酸、脂肪酸及氧化脂质等代谢物已显著改变，其变化早于血浆，提示肠道可能是代谢紊乱的始发点。⑤ 系统性炎症：至轻度认知障碍（MCI）阶段，血浆促炎细胞因子水平显著升高，并与有益菌减少及致病菌增多密切相关。⑥ 潜在通路：菌群改变与特定代谢物（如长链脂肪酸、氧化脂质）及全身炎症反应构成复杂的关联网络，揭示了肠脑轴紊乱促进神经退行性病变的关键通路。⑦ 早期窗口：该研究的多组学证据凸显SCD阶段是观察肠脑轴失调的关键窗口，为阿尔茨海默病的超早期诊断和靶向肠道的预防干预提供了新依据。
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Plasma and feces multiomics unveil cognition-associated perturbations of chronic inflammatory pathways of the gut-microbiota-brain axis
2025-10-30 , doi: 10.1002/alz.70844
晏向华等：肠道菌群如何通过脂肪组织提升母猪生育力？
Microbiome——[12.7]
① 研究对象与方法：本研究通过粪菌移植（FMT）和多组学分析，探究中国梅山猪肠道菌群对商业母猪卵泡发育的调控机制。② 核心发现：肠道菌群产生的短链脂肪酸（SCFAs）通过激活围卵巢白色脂肪组织（gWAT）的G蛋白偶联受体43（GPR43），促进瘦素分泌并抑制颗粒细胞凋亡，从而促进卵泡成熟。③ FMT促进卵泡发育：移植梅山猪菌群显著增加了受体母猪的次级卵泡、窦状卵泡和黄体数量，减少了闭锁卵泡，并提升了血清促卵泡激素（FSH）、黄体生成素（LH）及雌二醇水平。④ 关键菌群与代谢物：多组学分析鉴定出四种关键菌种及其共享代谢物SCFAs是功能核心，其通过抑制颗粒细胞凋亡来减少卵泡闭锁。⑤ 作用通路验证：SCFAs通过作用于gWAT高表达的GPR43刺激瘦素分泌，进而激活PI3K-AKT信号通路抑制细胞凋亡，此效应可被GPR43基因敲除或瘦素基因敲减所阻断。⑥ 应用潜力：在大规模母猪试验中，日粮补充SCFAs不仅促进了卵泡成熟，还将平均产仔数提升了约5.91%，证明了其作为营养干预策略的有效性。
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Gut microbiota-derived short-chain fatty acids promote follicular maturation via gWAT-ovary axis in mammals
2025-10-29 , doi: 10.1186/s40168-025-02174-y
李秀梅等：草药苣荬菜提取物抗氧化，肠道真菌或有重要作用
Microbiome——[12.7]
① 研究对象与方法：构建乙醇诱导的急性氧化应激小鼠模型，结合16S rRNA/ITS测序、代谢组学、转录组学及分子对接等方法，探究苣荬菜（Sonchus brachyotus DC.）提取物（SBE）通过“肠道微生物-代谢物-基因”网络发挥抗氧化作用的机制。② 核心发现：SBE通过调控肠道菌群（尤其真菌）组成，影响血清素能突触通路的代谢物水平，调节下游凋亡信号通路关键基因（Fas、Tnfsf10）的表达，从而多靶点、多途径地改善氧化应激损伤。③ 微生物组调控：SBE调节肠道菌群稳态，特别是与氧化应激高度相关的真菌（如Pichia和Alternaria）的丰度；关联分析发现，肠道真菌（74个属）相比细菌（49个属）与氧化应激标志物的关联更紧密。④ 真菌-代谢-基因轴：Pichia丰度与凋亡基因Tnfsf10及代谢物5-羟基吲哚乙酸（5-HIAA）等呈正相关，而Alternaria丰度则与Fas基因及代谢物14,15-DiHETrE呈负相关，SBE通过调节此轴抑制细胞凋亡。⑤ 活性成分与靶点：分子对接结果显示，SBE活性成分葫芦巴碱、中康酸和水杨酸可结合凋亡通路关键蛋白靶点Fas和Tnfsf10，揭示了SBE通过多成分协同调控凋亡通路的结构基础。
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Regulation on microbial composition,serotonergic synapse, and apoptotic signaling pathway by extracts fromSonchus brachyotus DC. (SBE) to improve ethanol-induced acute oxidative stress in mice
2025-10-29 , doi: 10.1186/s40168-025-02221-8
吴德成/刘洪梅/尤业字/郭玲等：细菌外膜囊泡+巨噬细胞膜+TMAO，新型纳米药助力实体瘤免疫治疗
Bioactive Materials——[20.3]
① 研究设计与方法：构建一种基于大肠杆菌外膜囊泡（OMV）和巨噬细胞膜（RV）的杂合纳米囊泡ROMV，并封装肠道菌群代谢物氧化三甲胺（TMAO），形成ROMV/TMAO。② 核心发现：ROMV/TMAO能够通过重塑肿瘤免疫微环境，协同免疫检查点抑制剂（ICT）疗法，将免疫“冷”肿瘤转化为“热”肿瘤并抑制其生长。③ 靶向递送与安全性：融合的RV赋予纳米囊泡肿瘤归巢能力，使其能在多种肿瘤模型中靶向富集，同时降低OMV相关的全身性毒性且不引发动脉粥样硬化风险。④ 免疫微环境重构：OMV的免疫刺激性与TMAO协同作用，可促进M1型肿瘤相关巨噬细胞极化，增加CD8+ T细胞浸润并减少调节性T细胞；细胞清除实验证实，CD8+ T细胞和巨噬细胞共同介导ROMV/TMAO的抗肿瘤效应。⑤ 联合治疗增效：在乳腺癌、肺癌及胰腺癌模型中，相较于单一疗法，ROMV/TMAO与α-PD-L1联用具有更强的肿瘤抑制效果并提高了生存率。⑥ 临床转化潜力：在人源肺癌类器官模型中，ROMV/TMAO同样能促进CD8+ T细胞浸润并增强α-PD-L1的抗肿瘤活性，展示出良好的临床应用前景。
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Probiotic-inspired hybrid nanovesicles for enhancing immune checkpoint therapy efficiency via tumor immune microenvironment modulation
2025-10-17 , doi: 10.1016/j.bioactmat.2025.10.012
康亮/黄亮/元云飞等：解析直肠癌放化疗耐药新机制，老药新用或能破解
Advanced Science——[14.1]
① 研究背景与方法：本研究聚焦于直肠癌放化疗耐药机制，通过功能基因组筛选等方法，揭示蛋白精氨酸甲基转移酶3（PRMT3）驱动治疗抵抗的核心作用。② 核心发现：PRMT3与KDM4A通过对转录因子YBX1蛋白R247位点的“甲基化-去甲基化”动态接力，时空性地调控其相分离状态与功能，决定了肿瘤细胞的耐药性。③ PRMT3的促耐药作用：在细胞质中，PRMT3甲基化YBX1，此举抑制了YBX1的液-液相分离，从而促进其进入细胞核，发挥其促耐药的转录功能，且PRMT3高表达与患者不良预后显著相关。④ KDM4A的关键逆转功能：进入细胞核后，赖氨酸特异性去甲基酶4A（KDM4A）则对YBX1进行去甲基化，重新激活其在核内的相分离能力，进而结合并激活下游耐药基因（如ABC转运体和HR修复基因）。⑤ 靶向药物的发现：通过筛选FDA批准的药物库，发现降脂老药阿西莫司（Acipimox）是PRMT3变构抑制剂，能阻断PRMT3-YBX1信号轴。⑥ 临床转化潜力：阿西莫司可逆转细胞耐药，在临床前模型中，其与放化疗联合使用可显著增强抗肿瘤效果，为克服直肠癌治疗耐药提供了转化新策略。
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Dynamic Arginine Methylation of YBX1 Relay Controls Its Phase Separation and Chemoradiotherapy Resistance in Rectal Cancer
2025-10-28 , doi: 10.1002/advs.202502786
调控肠道和肿瘤菌群以抗癌的潜在药物
PNAS——[9.1]
① 研究对象与方法：本研究通过体外筛选与体内验证，评估了一系列金(I)复合物选择性调节肠道与肿瘤微生物组的能力及其抗癌潜力。② 核心发现：金(I)复合物7不仅能选择性抑制有害菌（如金黄色葡萄球菌）并保留有益的乳杆菌，还显著抑制了乳腺癌和结肠癌的生长，且其疗效高度依赖于宿主微生物组的构成。③ 选择性抗菌机制：复合物7通过抑制硫氧还蛋白还原酶（TrxR）发挥作用，其抗菌选择性源于部分致病菌对TrxR功能高度依赖，而许多有益共生菌则具备补偿机制。④ 体内微生物组调控：在小鼠模型中，复合物7显著增加了肠道有益菌（如Barnesiella和Roseburia）的丰度，并升高了有益代谢物短链脂肪酸（SCFA）。⑤ 构效关系明确：复合物7中的特定配体（含α-蒎烯和4,5-二氮杂芴）是其实现微生物组有益调节的关键，其疗效与SCFA对肿瘤信号通路的调控密切相关。⑥ 疗效依赖微生物：抗生素预处理会破坏有益菌群，从而显著削弱复合物7的体内抗癌效果，证实了其作用机制依赖于与特定微生物的协同。
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Modulating the microbiome as an approach to anticancer drug development
2025-10-28 , doi: 10.1073/pnas.2417269122
重绘肝内NK细胞图谱，发现潜在抗大肠癌肝转移主力军
Journal of Clinical Investigation——[13.6]
① 研究方法：采用单细胞技术，解析结直肠癌肝转移（CRLM）患者肝内及外周血的自然杀伤（NK）细胞特征。② 核心发现：肝内富集的CD56Bright NK细胞是成熟的抗肿瘤效应细胞，其表达的IL-1R8和CXCR4为潜在治疗靶点，阻断可增强其抗肿瘤功能。③ 亚群特征：肝内CD56Bright NK细胞（占69%）表达组织驻留及成熟转录因子（如CXCR6、TOX2），而CD56Dim NK细胞则富含KIRs和细胞毒性分子。④ 免疫检查点：IL-1R8（SIGIRR）在肝内NK细胞中普遍表达，而TIGIT/CD39主要在CD56Bright亚群，TIM-3/KLRG1则在CD56Dim亚群高表达，呈差异化分布。⑤ 功能验证：体外阻断IL-1R8可增强NK细胞的细胞因子分泌，而CXCR4拮抗剂则能逆转CXCL12对CD56Dim NK细胞的抑制作用。⑥ 结论意义：肝驻留CD56Bright NK细胞具有独立发育轨迹和独特的抗肿瘤潜能，其IFNGhigh亚群活性显著，靶向其特异性免疫检查点为优化CRLM免疫治疗提供了新策略。
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Tissue-specific anti-tumor NK cell subsets identified in colorectal cancer liver metastases express candidate therapeutic targets
2025-10-28 , doi: 10.1172/JCI190778
陈先强/侯平/张达等：干细胞水凝胶治疗粘连性小肠梗阻
Advanced Science——[14.1]
① 研究对象与方法：本研究将骨髓间充质干细胞（BMSC）封装于丝素水凝胶（BMSC@Gel）中，用于治疗粘连性小肠梗阻（ASBO），并结合单细胞RNA测序等技术分析其修复机制。② 核心发现：BMSC@Gel可通过重编程成纤维细胞表型、分泌抗炎外泌体及抑制TGF-β1/Smad3信号通路，逆转肠道纤维化，恢复肠壁结构与生理功能。③ 跨层迁移修复：植入的BMSC表现出从肠壁浆膜层向黏膜层的时空迁移特性，实现了对受损肠壁的跨层修复，并恢复黏液分泌、细胞增殖等关键生理功能。④ 成纤维细胞重编程：BMSC@Gel能够重塑损伤微环境，显著抑制以Adamdec1为标志的炎性成纤维细胞，同时促进以Top2a为标志的增殖性成纤维细胞富集。⑤ 外泌体抗炎机制：BMSC来源的外泌体可有效抑制IL-1、IFN-γ等炎症因子的表达，缓解局部炎症微环境，并促进肠道上皮细胞的增殖与创伤愈合。⑥ 关键通路抑制：该疗法的抗纤维化作用依赖于对TGF-β1/Smad3信号通路的有效抑制，从而阻断了胶原过度沉积和异常细胞外基质重塑的病理进程。
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Bone Marrow Mesenchymal Stem Cell Hydrogel-Mediated Fibroblast Reprogramming Restores Intestinal Function in Adhesive Small Bowel Obstruction
2025-10-27 , doi: 10.1002/advs.202513781
饮食干预+益生菌，或能延缓前列腺癌进展
European Urology Oncology——[9.3]
① 研究设计：纳入212名低风险前列腺癌男性开展随机双盲安慰剂对照试验，所有受试者均服用富含植物化学物质的补充剂（PRS），并在此基础上随机分为两组，分别额外服用含益生菌与益生元的制剂（PB）或安慰剂（P），旨在评估添加PB的额外效果。② 核心发现：相比于单独使用PRS，额外添加PB不仅能更显著地延缓甚至逆转前列腺特异性抗原（PSA）的升高，还能降低影像学上的疾病进展风险，并改善血清炎症标志物，为靶向“肠-前列腺轴”的营养干预策略提供了临床证据。③ PSA进展减缓：干预4个月后，PRS+PB组的PSA增长趋势逆转了44.6%（从+23.2%降至-21.4%），而PRS+P组的增长趋势仅减缓了13.1%（从+19.6%降至+6.5%），组间差异具有统计学意义。④ 影像与炎症改善：MRI结果显示，PRS+P组的疾病进展风险是PRS+PB组的1.86倍；此外，PRS+PB组的血清炎症标志物中性粒细胞与淋巴细胞比值（NLR）显著下降。⑤ 症状改善与安全性：两组受试者的泌尿系统症状和勃起功能均有显著改善，但这应归功于基础的PRS，因为两组间无差异；两种干预方案的耐受性均良好，未报告严重不良事件。
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Increasing Phytochemical-rich Foods and Lactobacillus Probiotics in Men with Low-risk Prostate Cancer-A Randomised, Double-blind, Placebo-controlled Trial
2025-10-27 , doi: 10.1016/j.euo.2025.10.003
RCT新证：多菌株益生菌如何重塑帕金森患者的菌群、炎症与症状？
Movement Disorders——[7.6]
① 研究设计与方法：本研究为多中心随机双盲安慰剂对照试验，评估一种四菌株益生菌对帕金森病（PwP）合并便秘患者的肠道菌群、炎症及临床症状的影响，纳入74名受试者进行12周干预。② 核心发现：该益生菌干预显著富集了肠道内多种有益菌，降低了血浆中促炎细胞因子TNF-α，缩短了左旋多巴的起效时间，并改善了非运动症状总分，但对短链脂肪酸（SCFAs）水平无显著影响。③ 肠道菌群重塑：与安慰剂组相比，益生菌组显著增加了Odoribacteraceae、Enterococcaceae菌科及Blautia faecicola等有益菌的丰度，具有调节PwP肠道微生态的潜力。④ 全身炎症改善：益生菌组的血浆TNF-α和IL-6水平在干预后显著下降，而安慰剂组则呈上升趋势，提示该益生菌可能通过改善便秘相关炎症来发挥抗炎作用。⑤ 临床症状缓解：仅益生菌组观察到药物起效时间显著缩短，同时非运动症状中的睡眠/疲劳和胃肠道领域改善明显，尤其是便秘相关症状得到显著缓解。
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Effects of a Four-Strain Probiotic on Gut Microbiota, Inflammation, and Symptoms in Parkinson's Disease: A Randomized Clinical Trial
2025-10-23 , doi: 10.1002/mds.70047
Science子刊：限时进食改变昼夜节律，但未改善超重女性的心脏代谢健康
Science Translational Medicine——[14.6]
① 研究设计与对象：一项纳入31名超重/肥胖女性的随机交叉试验，比较为期两周、遵循“意向等热量”原则的早限时进食（eTRE：8:00-16:00）与晚限时进食（lTRE：13:00-21:00）对心脏代谢健康的影响。② 核心结果：在接近等热量的条件下，无论是eTRE还是lTRE，均未能改善胰岛素敏感性或其它关键心脏代谢指标，但进食时间的改变确实使内部生物钟发生了偏移。③ 代谢指标无改善：在改善胰岛素敏感性（以Matsuda指数衡量）、24小时平均血糖、血脂、炎症或氧化应激标志物方面，两种限时进食方案均未表现出具有临床意义的积极变化。④ 生物钟发生偏移：与eTRE相比，lTRE模式导致血液单核细胞的生物钟相位有延迟24分钟的趋势，且睡眠中点显著推迟了15分钟，证实进食时间对人体昼夜节律的调节作用。⑤ 依从性与热量：尽管参与者对进食时间的遵守率极高（>96%），且饮食成分和身体活动量保持不变，但eTRE组仍出现了轻微的日均热量亏空（-167千卡）及更明显的体重下降（-1.08公斤）。⑥ 心血管风险未变：尽管参与者在两种方案下均出现轻微体重下降，但研究并未观察到血压、总胆固醇、低密度脂蛋白（LDL）胆固醇或甘油三酯等关键心血管风险因素得到改善。
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Intended isocaloric time-restricted eating shifts circadian clocks but does not improve cardiometabolic health in women with overweight
2025-10-29 , doi: 10.1126/scitranslmed.adv6787
回归"原始"，重塑健康？RCT+队列证据解析旧石器时代饮食的护心防癌潜力（荟萃分析）
Critical Reviews in Food Science and Nutrition——[8.8]
① 研究设计与方法：本研究通过系统综述与荟萃分析，整合19项随机对照试验（RCT）和12项前瞻性队列研究，评估了旧石器时代饮食对心脏代谢及慢性病风险的影响，并用GRADE方法评价证据质量。② 核心发现：旧石器时代饮食能显著改善胰岛素、血脂、体重等心脏代谢指标，并降低全因死亡、癌症死亡及冠心病发病的长期风险（风险比RR均为0.90）。③ RCT干预效果：RCT结果显示，该饮食可显著降低空腹胰岛素（WMD -1.01 pmol/L）、总胆固醇、低密度脂蛋白（LDL）、甘油三酯、体重（-1.74 kg）、BMI（-1.12 kg/m²）及舒张压（-3.28 mmHg）。④ 队列研究关联：队列研究发现，高度遵循该饮食模式可使全因死亡、癌症死亡和冠心病发病风险均降低10%；剂量反应分析显示，依从性评分每增1分，全因死亡风险的风险比（RR）为0.99。⑤ 证据质量评估：GRADE评估显示，多数RCT指标的证据为中等等级；队列研究中，降低癌症死亡率和冠心病发病率的证据为高等，全因死亡率为中等，而与心血管疾病发病率的关联证据为极低。⑥ 局限与未来展望：主要局限在于各研究间存在显著异质性（I²>75%）且饮食定义不一；未来需通过标准化的长期大规模RCT，进一步确证其在慢性病预防中的因果作用。
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The Paleolithic diet and chronic disease risk: a GRADE-assessed systematic review and dose-response meta-analysis of prospective cohort studies and randomized controlled trials
2025-10-23 , doi: 10.1080/10408398.2025.2576815