立法宗旨与防治原则
旧法第一条立法宗旨为 “预防、控制和消除传染病的发生与流行，保障人体健康和公共卫生”，新法则在此基础上增加了 “防范和化解公共卫生风险，维护国家安全和社会稳定”，使立法目的更为全面。在防治原则上，旧法规定 “国家对传染病防治实行预防为主的方针，防治结合、分类管理、依靠科学、依靠群众”，新法则强调 “传染病防治工作坚持中国共产党的领导，坚持人民至上、生命至上，坚持预防为主、防治结合的方针，坚持依法防控、科学防控的原则”，突出党的领导以及人民至上、生命至上理念。
传染病分类与目录调整
旧法仅规定传染病分为甲类、乙类和丙类，新法则明确为 “甲类传染病、乙类传染病、丙类传染病，以及突发原因不明的传染病等其他传染病”。在病种调整方面，新的传染病防治法共列入 40 种传染病，其中甲类 2 种，乙类 27 种，丙类 11 种 。相较于旧法，一些病种有所调整，如新型冠状病毒感染、猴痘、手足口病等在乙类传染病中的归属有变化。在目录调整程序上，旧法规定部分调整需国务院卫生行政部门报经国务院批准等，新法则明确国务院疾病预防控制部门根据传染病暴发、流行情况和危害程度，及时提出调整各类传染病目录的建议，调整甲类传染病目录由国务院卫生健康主管部门报经国务院批准后公布，调整乙类、丙类传染病目录由国务院卫生健康主管部门批准、公布 。
传染病防治体制机制
新《传染病防治法》新增国家建立健全传染病防治体制机制，明确属地、部门、单位和个人责任，实行联防联控、群防群控。规定国务院和县级以上地方人民政府的重大传染病疫情联防联控机制开展疫情会商研判，组织协调、督促推进疫情防控工作 。而旧法中未如此明确地规定联防联控机制及四方责任。在部门职责方面，旧法规定国务院卫生行政部门主管全国传染病防治及其监督管理工作，新法则细化为国务院卫生健康主管部门牵头组织协调全国传染病疫情应对工作，负责全国传染病医疗救治的组织指导工作；国务院疾病预防控制部门负责全国传染病预防、控制的组织指导工作等 。
疫情监测、报告与预警
在监测方面，新《传染病防治法》健全监测预警体系，建立监测哨点，拓展症状监测范围，建立智慧化多点触发机制，旧法虽有传染病监测制度，但在监测体系的现代化、智能化建设方面未如此细化。疫情报告上，新《传染病防治法》实行传染病疫情网络直报，明确重点场所、检验检测机构等的报告责任，加强部门协同，建立疫情通报机制；旧法虽也有疫情报告相关规定，但在报告主体的全面性及部门协同机制上不如新法完善。在预警制度上，新《传染病防治法》建立疫情风险评估制度，明确疾病预防控制机构向社会发布健康风险提示，需要发布预警的，由县级以上人民政府决定向社会发布预警 ，旧法对此规定相对简单。
疫情控制措施与公民权利保障
新《传染病防治法》在疫情控制措施上强化属地责任，进一步明确政府及其有关部门、医疗机构、疾病预防控制机构在疫情防控中的责任，完善有关控制措施 。在实施程序上，明确医疗机构、疾病预防控制机构采取隔离治疗、医学观察措施应当科学合理确定具体人员范围和期限，并向有关人员书面告知诊断或者判定结果和依法应当采取的措施；要求决定采取疫情防控措施的机关向社会公告措施的具体内容、实施范围和实施期限 。同时，加强疫情防控中的民生保障，明确采取疫情防控措施期间，政府应当保障基本生活必需品供应，提供基本医疗服务，对重点人群给予特殊照顾和安排，确保相关人员获得医疗救治，明确因采取相关措施导致劳动者不能工作的，用人单位应当保留其工作，按照规定支付工资、发放生活费 。旧法在疫情控制措施实施程序的细化及民生保障方面相对薄弱。