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今天人类体内大概都存在2%左右的尼安德特组分，没有基因交流，是不可能的。
（尼安德特人复原）
智人和尼安德特人之间必然产生了基因交流（当尼人遇到人类）
几年前nature有一篇关于人类起源的综述，写的很好
All non-African individuals studied so far contain around 2% Neanderthal ancestry
不仅如此，文章还认为，最初智人体内含有的尼安德特人成分可能高达10%
the proportion of Neanderthal DNA in humans might originally have been as high as 10%
事实上，不仅是尼安德特人，还有丹尼索瓦人也一样有贡献，比如美拉尼西亚人有3-6%
Similar to Neanderthals, Denisovans interbred with anatomically modern humans. About 3–6% of the genome of some groups of people, including Melanesians in Oceania, can be traced to a Denisovan-like ancestor。
（丹尼索瓦人示意图）
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上图比较形象的描述了这几种人类的分开时间。我用红色框标注的是古人类 尼安德特人，丹尼索瓦人，以及未知的人族成分。他们和我们分开的时间在40万年以上（图中甚至是60万）
所以，这就尴尬了。智人（ Homo Sapiens ）和尼安德特人（ Homo neanderthalensis ）到底是什么关系呢？尽管我们对尼人做了不少研究，比如测了基因组，建立数据库等
然而，目前还是有多种看法。有人认为二者是亚种关系，就像秦岭大熊猫和四川大熊猫一样，比如严博就是持有这种观点。
而相当一部分人还是坚持认为尼安德特人就是一个物种，而非亚种
Neanderthals and modern humans belong to the same genus (Homo) and inhabited the same geographic areas in Asia for 30,000–50,000 years; genetic evidence indicate while they may have interbred with non-African modern humans, they are separate branches of the human family tree (separate species)
（简译，尼人和现代人属于人属，基因证据表明他们是独立物种）
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若隔离发生在受精以前，就称为受精前的生殖隔离，其中包括地理隔离、生态隔离、季节隔离、生理隔离、形态隔离和行为隔离等；若隔离发生在受精以后，就称为受精后的生殖隔离，其中包括杂种不活、杂种不育和杂种衰败等。
很多亚种的隔离只是地理隔离，一旦他们聚到一起，能啪也能生。这时候，问题来了，生殖隔离是否是亚种唯一的标准？甚至，是否存在中间物种？事实上，自然界中，的确这么神奇，所以生物专治各种不服。
有一个内容，叫做中间形态（intermediate form） ，从这个名字大家就应该能看出，这意味着这是一个过渡的状态。自然界中，物种的产生是逐步发生的，那么，可能就是存在一种，即将成为新物种，但是还没有形成的物种。
2014年 nature review genetics上的一篇综述 Seehausen-Genomics and the origin of species 。文章就阐述了这种中间形态的存在。
ab两图是两种建立生殖隔离的机制。在同一张图里，左侧是尚未分化的群体，右侧是彻底分化完成的群体，而中间那个就是过渡状态。 同一幅图中，左边是尚未开始分化的群体，右边是分化完成的两个物种，中间是物种形成的具体过程。 图下面的拉丁文部分是一些物种名字。换句话，生物中，真真实实的存在这种过渡形态。
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所谓的环形种（ring species）：凡是地域相邻的两个群体之间都可以杂交，而不相邻的则不能杂交，而且有一对称为“终点”的不能杂交的这么一系列群体 / 物种。
比如鸥鸟就是这种
下图是7种鸥鸟，1和2可啪，2和3可啪，但是1和 3就不行了，1和4更不行等等。结果到了1和7，连他妈都不认识了……
（The Larus gulls interbreed in a ring around the arctic. 1: L. fuscus, 2: Siberian population of Larus fuscus, 3: L. heuglini, 4: L. vegae birulai, 5: L. vegae, 6: L. smithsonianus, 7: L. argentatus.）
05，结论
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2，基因层面上，二者的差异到separate species
3，尼安德特本身又可以和现代人产生基因交流。
所以，我认为智人和尼安德特人之间的关系应该是这样子：【高于亚种，低于种】，可能就是一种介于亚种和物种之间的过渡形态。
ps：物种用生殖隔离来定义，虽然简单粗暴，但是往往实施困难，而且存在很多问题，随着遗传学发展，必然会出现新的分类法。
附上部分参考文献
中间形态的综述
Seehausen O, Butlin R K, Keller I, et al. Genomics and the origin of species[J]. Nature Reviews Genetics, 2014, 15(3): 176-192.
今年的人类学综述
Nielsen R, Akey J M, Jakobsson M, et al. Tracing the peopling of the world through genomics[J]. Nature, 2017, 541(7637): 302-310.