随着喀布尔和伊斯兰堡之间的紧张局势加剧，巴基斯坦外交部发言人沙夫卡特·阿里·汗强调，恐怖主义仍然是两国关系的主要障碍。
他在新闻发布会上表示，双方正在努力改善关系，但安全问题和阿富汗境内恐怖分子的庇护所仍然是重大挑战。
沙夫卡特·阿里·汗告诉记者：“我们一直重申，对巴基斯坦来说，这仍然是重要的双边关系，我们是被历史、文化和语言所束缚的邻国。我们一直在努力改善关系，但主要的障碍当然仍然是安全局势和恐怖分子的庇护所。最近，特别代表对喀布尔的访问非常成功。”
此前，巴基斯坦前阿富汗问题特使穆罕默德·萨迪克在伊斯兰堡的一次会议上将巴基斯坦塔利班运动（TTP）视为双边关系的主要障碍，并强调必须解决这一问题。他警告说，如果不加以解决，两国之间的所有协议都可能被取消。
政治分析家古尔·穆罕默丁·穆罕默迪就阿富汗和巴基斯坦关系表示：“这两个国家是邻国。他们需要通过对话解决问题，避免给杜兰线两边的人民带来更多苦难。”
另一位分析家贾纳特·法希姆·查卡里表示：“TTP并非阿富汗独有现象。它起源于巴基斯坦境内。巴基斯坦政府应该倾听本国人民的声音，他们渴望建立一个基于伊斯兰教法的政府。”
除了巴基斯坦不断声称阿富汗领土被用来对付它之外，强制驱逐阿富汗难民也是导致喀布尔和伊斯兰堡关系进一步紧张的一个主要问题。