在推动都市再开发的「密阿雷市」展开的全新故事
冒险的舞台是以人与宝可梦共存的城市为目标，推动都市再开发的「密阿雷市」。与在2013 年发售的《宝可梦X》《宝可梦Y》中登场的「密阿雷市」相比，城市里的花草树木更多，还能见到充满最新科技气息的设备。
「密阿雷市」这座城市，咖啡馆、餐厅和店家林立的廊街等人们生活的空间，与绿意盎然的公园和水边等自然环境彼此共存。城市的中心耸立著作为象征的稜鏡塔。
旅行造访密阿雷市……
因旅行而造访密阿雷市的主角，将入住名为「旅馆Z」的老旧旅馆。以这个地方做为据点，与在密阿雷市相遇的伙伴们一起挑战城市里发生的各种大小事与事件。
野生宝可梦们栖息的「野生特区」
在大企业阔星公司推动都市再开发的密阿雷市里，存在着为了实现和宝可梦共存而打造的「野生特区」。野生宝可梦们栖息在这个由最新技术整备的区域中，在这里可以与它们对战或是投掷精灵球捕捉它们。
让宝可梦成为伙伴
若是栖息在「野生特区」或密阿雷市里的野生宝可梦，瞄准目标后投出精灵球就能捕捉它们。只要进入精灵球的宝可梦没有从里面跑出来，就是成功了。
对于一察觉到气息就会立刻逃走的宝可梦，如果躲在暗处或是从背后靠近它，就比较不容易被发现。此外，先透过对战去削减宝可梦的体力，便能更容易捕捉它们。
系列首创宝可梦与训练家即时行动的战斗
《宝可梦传说ZA》的战斗不同于以往《宝可梦》系列里1 回合行动1 次的模式，宝可梦会和训练家一起移动，并同时根据训练家的指示使出招式。
除了属性相克之外，增添了替换宝可梦和选择招式的时机、招式的可达范围以及出招速度等新的游戏要素，可以享受前所未有的宝可梦对战也是本作的一大乐趣。
掌握本作关键的「超级进化」
在密阿雷市，不时能见到超越进化的进化――「超级进化」。如何纯熟运用「超级进化」，很可能成为掌握胜负的关键。
能够大幅影响对战胜败的「超级进化」是什么？
「超级进化」是超越了进化的极限后更高境界的进化，仅有部分宝可梦能超级进化。
透过暂时释放宝可梦潜藏的力量，达到比一般进化更上一层的力量提升。 「超级进化」后的宝可梦外观会改变，在那之中甚至还有属性会改变的宝可梦。
当训练家与宝可梦之间有强烈的牵绊时，训练家配戴在身上的「钥石」与宝可梦携带的「超级石」产生共鸣，就能进行「超级进化」。
主角身上配戴着崁入了「钥石」的「超级环」。似乎也有训练家会以不同的形式将「钥石」配戴在身上。