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(2006年的李光耀和苏哈托)
前驻印尼大使拉曼(P.S. Raman)的”Serving Singapore”和李炯才的采访、前外交部长拉惹勒南(Rajaratnam)回忆录、曾长期在外交部服务的前总统纳丹(Nathan)的《万想不到的征程》、前外交部长杨荣文的《凝思集》都描述了建国初期马印对抗(konfrontasi)，以及多位政坛元老坚持原则而又灵活处理和印尼之间棘手纷争的故事。
尤其是李光耀努力建立起和苏哈托之间的私人关系，使新加坡得以在长久和平的环境中求存发展。
(1982年苏哈托访问新加坡飞禽公园)
苏卡诺的大印尼梦
1950年代末，印尼总统苏卡诺(Sukarno)为反对“新殖民主义”并“粉碎马来西亚”，重新主张大印尼，即原满者伯夷属地。
满者伯夷(Majapahit)是东爪哇的一个印度教王国(1293-1500)，曾统治马来半岛南部及婆罗洲(现新加坡、马来西亚、文莱各国)、苏门答腊和巴厘岛。不过满者伯夷的遗迹不多。
1962年，由印尼政府支持的志愿特工袭击文莱，被英军制服。1964年，印尼武装部队正式参与对抗，派特工潜入新加坡、婆罗洲，伞兵空降柔佛，不宣而战。作为马来西亚联邦的成员，新加坡武装部队在新、马等地和印尼特工多次交火。
(1964年新加坡展示缴获的印尼武器)
1966年，苏哈托(Suharto) 在印尼掌握实权，重新加入联合国，接受马来西亚，结束马印对抗。
绞死造成伤亡的印尼士兵
1965年3月10日，印尼士兵奥士曼(Usman, 也拼成Osman)和哈仑(Harun)在乌节路的麦唐纳大厦(MacDonald House)放置计时炸弹，造成3死33伤。
(麦唐纳大厦)
1963年到1966年间，新加坡受到约40起恐怖攻击。1967年新加坡顺应印尼新总统苏哈多的要求，释放了45名参与马印对抗的印尼军人，但造成平民死亡的两人却依旧在走法律程序。
(1964年樟宜路附近组屋被炸)
两名印尼士兵被捕时，新加坡还属马来西亚联邦。在新加坡被判死刑后，上诉到马来西亚联邦法院，三司会审维持原判。再上诉到英国枢密院(UK Privy Council)，终审依旧维持原判。
1968年10月两人被送上绞刑台，新印关系急转直下。雅加达的学生上街示威，还打砸新加坡大使馆和外交使节的家。绞刑犯的遗体隔天被运回印尼，受到上万印尼民众的迎接，苏哈多追封他们为国家英雄，赐予最高荣誉的军事勋章Bintang Sakti。
为纪念麦唐纳大厦爆炸案50周年，2015年在大厦对面的多美歌格林(Dhoby Ghaut Green)为马印对抗中受害者树立了一座纪念碑。
(多美歌格林的纪念碑)
虽然那时是对抗而不是战争，印尼却阻止跟新马的商贸，两国人民交往也大费周章，必须兜一大圈，先乘机到香港，再从香港转机飞去印尼，回程亦然。1970年代两国政府握手言和后，双方的商贸才逐渐正常化。
李光耀的破冰之旅
李炯才在印尼政界活动了很久才安排李光耀和苏哈多于1973年首次会面。访问印尼前，李光耀曾问如何才能成为苏哈多的朋友、真正的朋友。苏哈多是个爪哇军人，爪哇人相信到死者墓前撒花能够安抚亡魂，于是李炯才建议李光耀先向苏哈多表达他的善意，再到雅加达的卡里巴塔英雄公墓(Taman Makam Pahlawan Kalibata)两个被新加坡实施绞刑的军人墓前撒花。
(李光耀在卡利巴塔英雄公墓军人墓前撒花)
李炯才回忆当李光耀在两名军人的墓前撒花时，印尼驻新加坡大使鲁克米托感动得流下眼泪，苏哈多也非常高兴。苏哈多在为李光耀举行盛大国宴时，有一只蝙蝠飞进大厅，华人和爪哇人都相信蝙蝠是吉祥之兆(寓意遍地是福)。隔年，苏哈多造访新加坡，新印两国终于摆脱历史包袱，邦交正常化。
从此以后两人每年都会见面，常常是闭门的”四眼会议”(empat mata)。
苏哈托退位多年后的21世纪初，时任内阁资政的李光耀仍前往印尼看望病重的苏哈托。当时苏哈托由助手搀扶，出席了与李光耀的会面。