作为一体化水下武器系统，潜艇的作战效能当然不仅仅取决于平台，所以台“自造潜艇”首艘原型艇及其后继艇将由怎样的舰载武器进行武装是另一个让人感兴趣的话题。美国海军前潜艇指挥官、美国智库“新美国安全中心”兼职资深研究员许卡特及中国国民党智库“国家政策研究基金会”副研究员、岛内军事专家揭仲等人士在接受采访时都称，台湾当局“自造潜艇”用的是美国和日本的战斗系统，包括声呐、舰载作战系统软件、鱼雷等，其中鱼雷特指2018年4月时任美国总统特朗普批准向中国台湾地区出售的MK48-6型（MK48 MOD6）。当时台湾地区采购了46枚该型号重型鱼雷，预计2028年底前交付。台媒称，这批鱼雷可望提前至2025年底前交付。
美军核潜艇同样大量装备MK48 MOD6鱼雷
此前，曾有媒体就该型鱼雷采访过大陆方面权威人士，并进行了详细的论述。报道称，它针对亚太特定的水下作战环境做了改进：第一，噪声大幅降低了，比如说在水下攻击阶段，为防止对方发现，它采用的是电力系统，这肯定要比过去的第一代、第二代鱼雷好得多了；第二，速度也大幅加快了，比如说同样是水下航行大约46千米，过去可能要用比较长的时间，现在则用时较短，让对方没有办法逃逸；第三，兼顾了现在常规潜艇的作战范畴，因为它设定的潜深是1200米，在大洋上可以作战时使用，同样它还可以修正潜深，比如说在亚太的濒海区域，就可以设定在300米、250米等，能够根据作战海域来设定它的最大作战效能。该型鱼雷潜在针对的目标很明确，就是亚太地区目前活跃的作战能力很强的常规潜艇，如俄罗斯的“基洛”级、中国的039型潜艇，所以在未来可能针对的就是中国海军的潜艇和大型的水面舰艇。显然，大陆方面的权威人士对MK48-6型的评价不低，其特点可以简述为“智能化、大潜深、高速远程、无尾迹、低噪声、使用方便、威力猛、精度高、适用性广”。
MK48鱼雷最早从20世纪60年代开始研发，历经0、1、2、3型号，到MK48-4型成为基本型。MK48-4、MK48-5鱼雷的制导系统采用了大规模集成电路，改善了鱼雷的自导系统性能，加强了目标识别能力。1988年，美国又在MK48-5基础上研制了MK48 ADCAP（先进性能）鱼雷，增加了全数字制导和控制处理器，使MK48鱼雷智能化得到大幅度提升。MK48MOD6鱼雷就是在此基础上，在2000年左右开发研制的（MOD是英文单词modification的缩写，即改进的意思）。MK48 MOD6第一项改进是在制导和控制方面改进了声学接收机，更换了采用新技术的制导和控制装置，扩大了存储功能，改进了处理器，同时使鱼雷可以在舰艇上进行软件升级，不像以前的型号要到工厂升级。第二项改进体现在鱼雷的推进单元，进一步降低了噪声。MK48 MOD6鱼雷最大潜深1200米，最大速度60节，最大航程45千米。
另外，MK48 MOD6鱼雷的先进斜盘活塞发动机可自主检测发动机各项工作要素和监测排气，由计算机采用先进的算法计算并进行控制，保持发动机在最佳状态，使发动机有着高的热效率和先进的低排放性能，基本做到了无尾迹且噪声微小。发动机用的燃料是奥托II型，其热稳定性好，可保证持续稳定的功率输出。同时，奥托II平时也很稳定，多年不会变质，无腐蚀性，用在鱼雷上可保证鱼雷随时可用，方便高效。
MK48 MOD6鱼雷的战斗装药是PBXN-102炸药，这是一种塑胶炸药，当量为3，即爆炸性能是TNT的3倍。由于水的密度是空气的1000倍，不可压缩，所以水中爆炸的破坏性是空气中爆炸不能比的-这也是鱼雷的破坏性比导弹、炸弹高许多的原因。美国在试验MK48 MOD6鱼雷时，一枚MK48 MOD6鱼雷就能把一万吨的军舰炸成两截，可见其威力之猛。
MK48型鱼雷参与过多次美军海上演习，以及至少5次实战发射。在2012年环太平洋军事演习中，美军满载排水量2万吨的T-AE-26弹药补给舰被一发MK48鱼雷击中，致其龙骨断裂而沉没，这是反舰导弹无法实现的打击效果
MK48 MOD6鱼雷的制导方式是“线导＋主／被动声自导”，在制导和控制方面改进了声学接收机。该系统采用了先进的宽频声呐和全数字化控制，大幅度提高了鱼雷的寻的精度，同时运用新的宽频运算法则，保持了鱼雷的深水性能参数，也提高了鱼雷在浅水中的抗干扰性能。
此外，台湾当局获得的这批MK48 MOD6鱼雷还可能进一步被升级为MK48 MOD7。
MK48 MOD7源自通用宽带先进声呐系统（CBASS）项目。冷战期间，美军攻击型核潜艇的主要对手是在大洋深处的苏联核潜艇；冷战结束后，美军核潜艇突然失去深海猎杀的对象，转而把更多核潜艇部署在敌对国家的近岸浅水海区。在近岸浅海区，声学信号经过海底地形或近岸的多次反射后，可能会与复杂的背景回波混淆产生混响效应，使声呐系统难以有效识别目标。MK48鱼雷早期型号采用的是窄带声呐系统，其工作带宽远不及中心频率。相较于窄带声呐，宽带声呐系统的工作带宽非常宽，几乎与中心频率相当，可使声呐从回波中获得更广泛的频谱信号，通过更先进的信号处理能力获取更多目标信息。鱼雷宽带声呐系统可以从混响效应中有效区分背景噪声和真正目标，从而正确测算出目标运动参数以及目标特征。配合宽带声呐采用更复杂的展频技术，还可有效增强鱼雷的抗干扰能力。因此，为了弥补浅海性能短板，美国海军在20世纪90年代中期开始发展CBASS。
CBASS项目主要是将MK48 MOD6鱼雷的声呐系统替换为一套由超宽带复合脉冲声呐阵列、宽带声呐模拟接收器、前置放大器以及电缆组件等构成的套件，同时后端处理系统采用ACOT-GCB，并重新写入信号处理能力更强的新软件。升级CBASS套件后，全数字化控制的波束发射机和接收机有了更宽的带宽，即使在浅海恶劣的声学环境下，鱼雷依然可以有效破除敌方信号干扰，对目标进行追踪。CBASS具有数字化波束形成、多波束扫描与应用多种波形等能力，可选择不同波形来应对不同的作战环境或目标，具有海底和海面多次反射追踪、多目标识别以及防海底碰撞等功能。同时，鱼雷自导系统软件具备了对抗敌方反制措施（如释放声诱饵）的能力，对低速运动目标的探测能力也得到增强。经过CBASS升级后的MK48 MOD6被重新命名为MK48 MOD7。
MK48 MOD7鱼雷具有强大的浅水攻击性能，可在发射前选择主动声呐频率与作战模式，若事先分配每枚鱼雷的声呐频段后还可进行多雷同时攻击。1998年，美国海军与诺·格电子公司签署为期5年的CBASS工程制造发展（engineering manufacturing development，EMD）合约，展开鱼雷通用宽带声呐系统的研发工作。依照CBASS最初的规划，2003年完成工程发展阶段，2004年投入量产与部署。但在2001年，美国海军重新审定CBASS开发计划，由诺·格电子公司负责CBASS硬件研制，美国海军水下作战中心（NUWC）负责软件系统整合与技术监督，部署时间也延后至2005财年。由于诺·格电子公司前期在CBASS研发方面突破并不大，所以直到2003年美、澳两国决定联合开发MK48 MOD7鱼雷以后，项目才取得较大进展。2005年，澳大利亚海军首次在澳洲海域进行MK48 MOD7鱼雷的开发和作战评估，澳大利亚也成了除美国外唯一可以使用MK48鱼雷的国家。2006年，美国成功进行了实雷射击测试，并取得了预期效果。
CBASS升级计划最初由雷声公司作为主承包商，从2011年开始则由洛·马公司承担MK48MOD6套件升级更换工作，计划在2025年全部更换完成。值得注意的是，将售台MK48 MOD6升级到MK48 MOD7标准并不是泛泛而谈。美国防部2021年11月25日曾发布官方消息称，美国海军海上系统司令部授予科学应用国际公司（SAIC）约1.24亿美元的固定价格加激励合同，生产MK48MOD7重型鱼雷的后段／尾锥和燃料段的装置，并提供技术支持。该合同包括服务美海军以及对澳大利亚和中国台湾地区的对外军售项目。合同80％的工作将在印第安纳州贝德福德进行，20％在罗德岛的米德尔顿进行，预计2025年7月完工。该合同还包括附加选项，总价值将达到约11.13亿美元，工作将持续到2033年1月。
当然，MK48 MOD6／7鱼雷不会是台“自造潜艇”项目的唯一军械。潜射型“鱼叉”及潜载水雷同样会是“海鲲”号及其后继艇武装的重要内容，潜艇可以利用自身的隐身性能出色地完成海上布雷任务。相比于布雷艇，采用潜艇布雷具有隐蔽性强、布雷范围广的优点。隐身性能优秀的潜艇甚至可以深入敌方海域，在敌人控制和设防的海域布设水雷。此种布雷方式会对敌人的舰船造成突然打击，有利于形成长期的水下威胁，打乱敌人的战斗部署。而从现实情况来看，台当局获得美制“卡普托”MK60锚泊水雷来武装“海鲲”号及其后续艇是完全可能的。该水雷虽然是美国海军在20世纪六七十年代研制的，但突破了传统水雷的概念，兼具鱼雷特性，又称为鱼水雷或制导水雷。该水雷由1个容纳MK46轻型鱼雷、能承受深水压力的密封壳体和1套水声探测控制装置（DCU）组成，具体组成部分有雷锚、主／被动目标探测和识别装置、起动装置、保险执行机构、自毁／自失效装置以及战斗部，即MK46型鱼雷利用其尾端的连接球头固定于发射箱内。c
可能用于武装“海鲲”号及其后继艇的锚泊水雷
MK60锚泊水雷由平台携载下沉并系留于预定深度，当目标噪声出现时，其被动水声传感器自动开机，连续侦听一段时间后，借鉴来自PUFFS（BQG-2／4）潜艇声系统技术，通过被动声相关和数字处理，来判别目标是水面舰船还是潜艇，若是水面舰船则不动作，若是潜艇则使主动水声传感器开机，探测并跟踪目标潜艇，待目标进入MK46鱼雷的自导作用距离（1.4～1.5千米）内时，接通发射机构，将MK46鱼雷从水雷上部发射出去，鱼雷跟踪目标并将其击毁。如第一次通过时脱靶，则转弯以便再次攻击。当无噪声信号时，声控装置自动关机。这种开／关式探测控制装置（DCU）的主要优点是节省电源、加长使用时间以及能适应深海环境和各种海情条件。该装置的使用期为6个月，超期且未能回收时则由其自毁装置炸毁，或由其失效装置使其失效，沉入海底，以防敌方捞走或妨碍己方舰艇行动······显然，只要对作为战斗部的MK46轻型鱼雷进行升级，“卡普托”MK60锚泊水雷仍然是一种相当具有威慑能力的水下武器，而台当局获得“卡普托”MK60锚泊水雷并将其用于武装“海鲲”号的可能性还是很大的。