《自然·癌症》:出人意料!最强癌基因KRAS竟然还有全新促癌大招,难怪经典RAS信号通路抑制剂疗效有限

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作为最强的促癌基因,KRAS激活突变自1982年发现以来,已经过去了40多年。


然而靶向KRAS突变的第一款药物,直到三年前才获批上市。不过,药物虽然已经出现,但是治疗效果却不尽如人意。


在接受治疗的患者中,对药物有反应的患者不足50%;即使是那些有反应的患者,大多也会在半年之内发生耐药且癌症复发[1]。


药物的疗效不够好,说明了一个问题:我们对KRAS突变驱动癌症发生发展的机制,仍没有认识清楚。


近日,由美国国家癌症研究所Douglas R. Lowy和Brajendra K. Tripathi领衔的研究团队,在著名期刊《自然·癌症》上发表了一篇研究论文[2],揭示了一个出人意料的RAS促癌新机制。


他们发现了一个基础的、致癌的、非典型的RAS-GTP活性功能,它能增加依赖于核输出蛋白1(XPO1)的核组蛋白赖氨酸甲基转移酶EZH2向细胞质输出,这会导致重要抑癌蛋白被降解,进而促进癌症的进展


值得注意的是,他们还证实,RAS的这一促癌活性独立于经典的PI3K/AKT和RAF/MEK信号通路。更重要的是,这个研究不仅指出了MEK抑制剂和PI3K抑制剂等经典RAS信号传导抑制剂疗效有限的潜在原因,还指出了RAS抑制剂联合疗法新思路。


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▲ 论文首页截图


Lowy/Tripathi团队发现这一全新机制也属于偶然。


一直以来,他们都在研究一个重要抑癌基因——肝癌缺失基因1(DLC1。在2021年的时候,他们在肺癌中发现,细胞质中的EZH2会甲基化DLC1的一个特定赖氨酸残基,导致DLC1通过泛素化途径降解,而且这一过程可能与KRAS有关[3]。


这一发现让Lowy/Tripathi感到非常奇怪。因为从名字就可以看出,组蛋白赖氨酸甲基转移酶EZH2其实是个核蛋白,那它怎么会跑到细胞质里面去消灭抑癌蛋白呢?


他们先找到了核输出蛋白1(XPO1),因为它负责大多数核蛋白进入细胞质,而且也在EZH2中发现了与XPO1互作的核输出信号。于是,他们用XPO1特异性抑制剂selinexor处理A549非小细胞肺癌细胞系,结果发现细胞质中检测不到EZH2了,而细胞核中EZH2的未受干扰。


考虑到他们三年前的研究还发现了KRAS的身影,他们又在携带KRASG12S突变的A549细胞系中,测试了敲除KRAS对EZH2的影响。他们发现,无论是敲除KRAS还是抑制XPO1,都会导致细胞质中EZH2减少,以及抑癌蛋白DLC1的水平增加。而且,与单独抑制相比,联合抑制XPO1和KRAS不会进一步增加DLC1蛋白水平,这表明XPO1和KRAS可能在一条线上


此外,在携带KRASG12C突变型的NCI-H23肺癌细胞系中,KRAS-G12C特异性抑制剂sotorasib与XPO1抑制剂联用,也会导致细胞质中EZH2减少。


不难看出,KRAS确实在调控细胞质中抑癌蛋白DLC1的水平


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▲ KRAS对细胞质中EZH2和DLC1的影响


既然KRAS牵涉其中,Lowy/Tripathi团队很自然就想到了KRAS下游的两条经典信号通路——MAPK和PI3K信号通路,毕竟绝大多数RAS的致癌活性被认为是由二者介导的。


然而,出人意料的是,无论是单独使用MEK抑制剂(U0126-ethanol)或PI3K抑制剂(wortmannin),还是二者联合处理携带KRASG12C突变的人肺腺鳞癌细胞系H1703,都并不影响细胞质中EZH2或DLC1蛋白水平。相比之下,XPO1抑制剂增加了DLC1蛋白水平。


基于以上结果,Lowy/Tripathi团队认为KRAS对XPO1依赖性信号通路的影响,独立于经典KRAS信号通路。


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▲ KRAS对XPO1依赖性信号通路的影响,独立于经典KRAS信号通路


接下来的问题是,KRAS究竟是如何通过XPO1影响了细胞核蛋白往细胞质中输出。


Lowy/Tripathi团队的研究结果显示,整个过程可以分成四步:第一步,Ras相关核蛋白(Ran)·GTP、XPO1和需要运输的靶蛋白EZH2,会在细胞核中形成三聚体蛋白复合物Ran·GTP-XPO1-EZH2;第二步,三聚体蛋白复合物会经由核孔复合体(NPC)穿过核孔,并与核孔复合体暴露在细胞质中的部分NUP358结合;第三步,细胞质中的RAS-GTP会与Ran·GTP酶激活蛋白1(RanGAP1)形成复合物,促进Ran·GTP向Ran·GDP水解,并将EZH2释放到细胞质中;第四步,细胞质中的EZH2会将抑癌蛋白DLC1甲基化,然后使其泛素化并降解。


不难看出,XPO1抑制剂在细胞核内抑制了三聚体蛋白复合物的形成,进而抑制EZH2进入细胞质;而KRAS抑制剂则通过抑制KRAS-RanGAP1复合体的形成,抑制EZH2的释放,进而保全抑癌蛋白DLC1。

▲ 机制示意图


在研究机制的过程中,Lowy/Tripathi团队还发现,GTP结合形式的KRAS优先结合RanGAP1;而且与野生型KRAS相比,RanGAP1与突变型KRAS-G12C和KRAS-G12D的结合更强。


此外,考虑到人肺癌中抑癌蛋白DLC1的活性降低还与AKT和SRC激酶有关[4],因此Lowy/Tripathi团队测试了KRAS抑制剂联合AKT抑制剂和SRC抑制剂的抗癌效果,结果发现三者联合抗癌效果最强


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▲ KRAS抑制剂联合AKT抑制剂和SRC抑制剂,抗癌效果更好


总的来说,Lowy/Tripathi团队发现了一种以前未被描述过的RAS与RanGAP1构成的复合物,并证实RAS参与了核蛋白往细胞质转运的过程,揭示了KRAS促癌的全新机制。


Douglas R. Lowy和Brajendra K. Tripathi认为,他们这一发现至少有两个临床价值。首先,它部分解释了经典RAS信号通路抑制剂(如MEK抑制剂和PI3K抑制剂)临床疗效有限的原因;其次,将SRC抑制剂与KRAS抑制剂联用,可能会提升KRAS抑制剂的抗癌效果


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