我于1957年考入复旦大学，1962年毕业留校。我的本科毕业论文研究的是明代的漕运，可以说是经济史的学步之作。论文受到陈守实教授的高度赞扬，这也是我留校任教的直接原因。所以在步入史坛的早期，我专攻明清社会经济史。
樊树志教授
一、转向：从经济史到晚明研究
1977年恢复高考以后，受命为本科生开设中国土地关系史课程。我认真备课，写了详细的讲稿，一面上课一面修改充实，形成五十万字的《中国封建土地关系发展史》，1983年寄给人民出版社。出版社方面表示，书稿质量很好，愿意出版，但为了弥补亏损，需要作者提供出版资助。那时大学青年教师的工资微薄，仅仅处于“糊口”的水平，当时也没有国家社科基金项目，哪里有能力资助出版呢？那时无可奈何之际，我向出版社表示，愿以此书稿费作为“资助”。于是，1988年图书刊印出版了。即使如此艰辛，我仍然欢欣不已，自己的第一本著作能够在国家级出版社出版，无论如何是值得庆幸的。
《中国封建土地关系发展史》
此后，我把研究重点转移到江南市镇。我利用上海的地理优势，大量进行实地考察，多方收集各种资料。此时，随着改革开放的步伐，中外学术交流的通道逐渐被打开，学者之间的互访活动也日益频繁了。1980至1990年代，作为复旦大学的教授，我同国外学者，尤其是日本历史学界交流的机会多起来。比如1980年代初期，曾多次接待名古屋大学教授森正夫等学者到访；1986年的6月至12月，我作为交流学者到日本关西大学访问，期间还应邀至东京大学、大阪大学、名古屋大学、九州大学做学术讲演，并参加京都大学人文科学研究所“明清班”的研讨活动；1987年以后，我也多次陪同森正夫及其团队考察江南市镇。
1987年，我完成了《明清江南市镇探微》一书的写作，将书稿交付复旦大学出版社。出版社方面决定出版，却迟迟不付印，原因也是需要基金资助。恰巧此时我拿到社科基金一万元，付给出版社八千元后，此书终于在1990年面世。令我感慨的是，在自己学校的出版社出书也不是容易的事，这促使我有了改变研究方向的想法。
1986年在日本关西大学
巧合的是，此时人民出版社编辑张维训先生邀我撰写万历皇帝的传记。这套黄色封面的帝王传记丛书很畅销，不必“资助”，我欣然接受他的好意。《万历传》出版后，又写了《崇祯传》。持续五六年对万历和崇祯两朝历史深入探索，对我而言不仅仅是出了两本书，而是改变了我的研究方向，从此开启了持续二十年的晚明史研究，应该感谢张维训先生。
二、新见：晚明历史大变局
我在撰写《万历传》和《崇祯传》过程中，查阅了大量晚明的历史资料，研究开始转入晚明史领域。
“晚明”这个概念，历史学界早已有之。比如李文治《晚明民变》，该书聚焦在明末农民起义；谢国祯《晚明史籍考》，以“晚明”泛指嘉靖、万历以及明末的时间段。我在研究中，根据明代的发展特点，选择1573-1644年（万历元年至崇祯十七年）为“晚明”。2003年出版的《晚明史（1573-1644）》就是采用这个时间划分。
《晚明史（1573—1644年）》出版后，受到出版界与读书界的肯定，获得第十四届中国图书奖。2015年复旦大学出版社推出此书的第二版，精装的封面清新华美，腰封印有同行专家周振鹤、葛剑雄、唐力行、熊月之、范金民先生的评语，激励我继续努力。努力的成果就是《晚明大变局》和《重写晚明史》。
“晚明大变局”是由我第一个提出的。
2003年以后，我全力投入《晚明大变局》的撰写。2004年6月28日，《解放日报》刊登我的文章《文明的彷徨——晚明历史大变局》（《新华文摘》2004年第18期转载）。人们常说晚清大变局，殊不知，晚明也有大变局。我在文章中，以三个小标题布局自己的论证：“全球化”初露端倪的时代、晚明历史变局大幕开启、中国从文化上融入世界。通过将近八千字的论述，我得出的结论是：上述这些新变化，给晚明社会带来了很大的影响，这是毋庸置疑的。但是，这种影响并没有改变统治者对世界的看法，或者说，这一千载难逢的历史机遇，这一进一步发展、强大自己的天赐良机并没有引起统治者足够的重视与珍惜，政治体制与权力运作仍然是中华帝国的老传统，从万历到崇祯的几十年间，朝廷上下都忙于运作政治派系之争，忙于“窝里斗”，白白地坐失良机。
《晚明大变局》
2015年8月，四十万字的《晚明大变局》由中华书局出版，引来各方好评。据出版社方面统计，该书出版后，每个月都会入选四五个以上主流媒体的推荐书单，在当年年底入选将近二十家媒体的年度十大好书榜单，一年间七次重印，累计发行八万册。
《晚明大变局》一书及其讨论的主题，一跃成为社会的文化热点，这是我始料不及的。通过这本书，我感受到广大读者对学者从事的历史研究非常关注，大众对晚明史的热情也很高。这激励我投入对《晚明史》的全面修订工作。
三、从《晚明史》到《重写晚明史》
进入二十一世纪后，人类快速进入了“e时代”。凭借古籍文献电子化的方便，我全面修订《晚明史（1573—1644年）》，把两卷本修订为五卷本，书名改为《重写晚明史》。所谓“重写”是指对于自己《晚明史（1573—1644年）》的改写，没有别的意思。五卷分别是：第一卷《晚明大变局》；第二卷《新政与盛世》；第三卷《朝廷与党争》；第四卷《内忧与外患》；第五卷《王朝的末路》。
《重写晚明史》
晚清大变局牵涉政治体制的变革，从帝制走向共和，所以是“三千年未有之大变局”。晚明虽然政治体制依然故我，但在经济、社会、文化、思想各个方面都出现了大变局，表明中国内部正在发生剧变，出现了前所未有的新现象、新因素和新突破。一言以蔽之，晚明时代中国的近代化已初露端倪。我认为，所谓近代化是一个漫长的过程，并非始于哪个绝对年代。历史的道路并非笔直向前，有时会停滞，甚至倒退。近代化之路也不例外。日本京都学派的奠基人内藤湖南倡言“唐宋变革论”，认为宋代是中国近世史的发端，旨在揭示宋代出现了前所未有的新现象、新因素和新突破。基于同样的思路，我写《晚明大变局》是想提醒人们，重新审视晚明历史的剧变。
我从六个方面论证这一点：一、“ 海禁—朝贡”体制的突破；二、卷入全球化贸易的浪潮；三、江南市镇：市场经济与早期工业化；四、思想解放的潮流；五、西学东渐与放眼看世界的先进中国人；六、新气象：文人结社与言论。这种剧变是前所未见的，具有划时代的意义，或许可以说，没有晚明大变局就不可能有晚清大变局。
15世纪末至16世纪初，世界历史出现了大变局，历史学家称为地理大发现时代或大航海时代。欧洲的航海家绕过非洲好望角发现了通往印度和中国的新航路，以及越过大西洋发现了美洲新大陆。这些发现标志着一个新时代的开始，亦即中世纪与近代划分的里程碑。人类历史进入史无前例的全球化时代，中国也因此卷入了全球化贸易浪潮。由于制造业的优势，中国与任何国家的贸易都处于顺差之中。无与伦比的优质生丝、绸缎、棉布、瓷器等中国商品从澳门通过马六甲、果阿、好望角运往欧洲的里斯本，这是印度洋大西洋丝绸之路；从漳州的月港出发经过马尼拉，搭乘马尼拉大帆船，运往美洲的阿卡普尔科，这是太平洋丝绸之路。正如弗兰克《白银资本——重视经济全球化中的东方》所说：“中国贸易，造成的经济和金融后果是，中国凭借着丝绸、瓷器等方面无与匹敌的制造业和出口，与任何国家进行贸易都是顺差。因此，正如印度总是短缺白银，中国则是最重要的白银净进口国。”全球白银货币的四分之一至三分之一，通过贸易渠道源源不断流入中国，这样的辉煌是史无前例的。
随着商船来到中国的耶稣会传教士，在传教的同时传播欧洲的科学文化。先进的中国人瞿汝夔、徐光启、李之藻、杨廷筠、方以智、王徵等，通过耶稣会士利玛窦等人的中介，放眼看世界。法国汉学家裴化行神父在《利玛窦神父传》中说：16世纪的中国出现了一场文化伦理革命，其前锋“并不是出国考察者，因为谁也不能走出帝国之外去异邦寻求这些新科学，他们只是译者或编者，是他们让读者得以接触外来的著作”。
先进的中国人放眼看世界的结果，使得一般中国人的世界观发生了根本的变化。崇祯五年（1632）宁波的天主教徒朱宗元把中国与欧洲相比较，感慨系之：欧洲的天文、物理、历法“莫不穷源探委”，“我中土之学问不如也”；欧洲的自鸣钟、望远镜、起重机、乐器“莫不精工绝伦”，“我中土之技巧不如也”；欧洲的土地肥沃、物产丰富、贸易遍及万国，“我中土之富饶不如也”。这样的眼界，在以前是根本不可能出现的。
明代前期的思想界沉闷而僵化，科举取士都以朱熹《四书集注》作为考试课本和标准答案，人人都以孔子的思想为思想，以朱子的思想为思想，而没有自己的自觉思想、自由思想。王阳明开创了轰轰烈烈的思想解放运动。他的大弟子王畿高唱“学须自证自悟，不从人脚跟转”。另一位弟子王艮主张“六经皆注脚”、“六经注我，我注六经”。晚明思想解放的潮流，由李贽推向了高峰。他认为，千百年来无是非可言，原因就在于“咸以孔子之是非为是非，故未尝有是非”。大声喊出“六经皆史”，《诗》《书》《礼》《乐》《易》《春秋》，本来就是史书，被儒家尊奉为圣经，应该还它的本来面目——“经史一物”，所谓六经不过是历史资料而已。值得注意的是，一向以狂狷著称的李贽，对利玛窦推崇备至——“是一极标致人也”，“已经三度相会”。
离经叛道的思想家“掀翻天地”“非名教所能羁络”的精神，在后世引起了共鸣。五四新文化运动中，高喊“打倒孔家店”的吴虞把“异端之尤”李贽视为师辈，写了洋洋万言《明李卓吾别传》，推崇李贽著作是“思想与文化潜源”。吴虞感叹：“卓吾（李贽）产于专制之国，而弗生于立宪之邦，言论思想不获自由，横死囹圄，见排俗学，不免长夜漫漫之感。”所以，他要高喊“打倒孔家店”。晚明思想解放潮流与五四新文化运动的内在联系，于此可见一斑。
本书的第二卷《新政与盛世》、第三卷《朝廷与党争》、第四卷《内忧与外患》、第五卷《王朝的末路》，试图从各个侧面分析大明王朝如何由盛世逐步走向末路的过程。读者诸君沉下心来慢慢阅读、细细体味，一定能够领略其中的辉煌、苍凉、悲愤、无奈。经济文化成就如此傲视世界的大明帝国，在内忧与外患的双重夹击之下，如同摧枯拉朽般地走向覆亡。孔尚任有感于此，在《桃花扇》的末尾唱道：
俺曾见金陵玉殿莺啼晓
秦淮水榭花开早
谁知道容易冰消
眼看他起朱楼
眼看他宴宾客
眼看他楼塌了
明清史一代宗师孟森说：“熹宗，亡国之君也，而不遽亡，祖泽犹未尽也；思宗，自以为非亡国之君也，及其将亡，乃曰有君无臣。夫臣果安往？昔日风气未坏，正人君子，屠戮之而不能遽尽，故无君而犹有臣；至崇祯时，则经万历之败坏，天启之椓丧，不得挽回风气之君，士大夫无由露头角矣。思宗而在万历以前，非亡国之君也；在天启之后，则必亡而已矣。”确实是振聋发聩之论。他为了论证这个观点，写了洋洋数万言。我则用将近两百万字来展现明朝由盛转衰、直至覆亡的全过程——仅仅有经济文化的繁荣，而没有震慑朝廷内外党同伐异的雷霆手段，没有把内忧与外患消弭于无形的非凡能力，那么王朝终将走向末路，改朝换代不可避免。
“六朝旧事随流水，但寒烟衰草凝绿”。