第三学年的赫敏实在太辛苦了！
除了要用时间转换器进行时间旅行，来避免上课时间互相冲突，选修全部5门选修课；还要帮助海格准备诉讼材料为抓伤了马尔福的鹰马巴克比克辩护；但是最关键的还是自己新买的宠物猫克鲁克山总是去找罗恩的宠物老鼠斑斑的麻烦，导致自己最好的两个朋友这学年对自己总是爱搭不理。
在上一年，马尔福的父亲卢修斯虽然被开除出了学校董事会，但是他在学校以及魔法部的影响力依然在，如今儿子在学校受伤，于是在卢修斯运作下，最终这起鹰马伤人事件被判巴克比克被斩首。
罗恩安慰赫敏会帮她准备材料再上诉，一直承受着巨大压力的赫敏听到罗恩的安慰再也忍不住了，抱住罗恩哭了出来，直到这时哈利罗恩赫敏三人才终于重归于好！
最终多亏了赫敏的时间转换器时间旅行才成功扭转结局！
在正常时间线中哈利三人组来到海格的小屋安慰海格，哈利的后脑勺被什么东西砸中，一转头才发现邓布利多校长和魔法部部长福吉带着刽子手正在过来，于是三人赶紧离开，在大南瓜后面目睹了巴克比克被行刑。
接着罗恩手中的老鼠斑斑拼命想挣脱，赫敏的宠物猫克鲁克山试图去抓斑斑，就在这时小天狼星化身的大黑狗现身，直接将罗恩连同老鼠斑斑拖进了打人柳下方的暗道，直接拖到了霍格莫德村的尖叫棚屋。
为了让哈利和赫敏也能跟入暗道，聪明的克鲁克山帮他们按住了打人柳身上的结疤让它停止攻击。
此时的哈利还不知道化身老鼠斑斑的小矮星彼得才是背叛自己父母的罪魁祸首，和其他人一样他以为小天狼星才是凶手。
但是当哈利在尖叫棚屋拿着魔杖指着小天狼星的胸口时，如今作为小天狼星得力助手的克鲁克山一跃而起挡在了小天狼星前面，哈利不明白克鲁克山为什么要这么做。
就在这时卢平教授直接冲了进来，对着哈利就是一个除你武器。
原本一直误会小天狼星是凶手的卢平教授已经通过活点地图上发现小矮星彼得的踪迹，明白了小天狼星一直是被冤枉的，如今当他看到从哈利那没收的活点地图，发现上面一众人通往尖叫棚屋，立马赶了过来。
而随后赶来的还有斯内普教授，他来到卢平教授的办公室送来可以在狼人状态依然保持神志的狼毒药剂，结果发现了没来得及收掉的活点地图，于是紧随其后也赶了过来，直接一个除你武器控制住了卢平和小天狼星，转头就要将他俩送去阿兹卡班。
一连串的变故的确让人猝不及防，但是有一点是可以肯定的，那就是对哈利来说卢平教授绝对值得信任，他愿意听他和小天狼星解释清楚事情的来龙去脉，于是直接击晕了斯内普。
当一切真相大白，小矮星彼得终于现出原形！
但是当他们押着彼得离开尖叫棚屋，此时恰好云开见月，卢平失控化身狼人，小天狼星赶紧冲上去抱住卢平，混乱中小矮星彼得化身老鼠逃之夭夭。
小天狼星不敌狼人卢平深受重伤，但是就在卢平转向哈利时，不远处的一声嚎叫将他引开了。
奄奄一息的小天狼星倒在了湖边，哈利尝试去叫醒他，没想到上百只摄魂怪现身将他们团团围住，不过就在小天狼星命悬一线的危急关头，哈利朦胧中看到对岸仿佛是自己父亲詹姆波特化身的牡鹿一个呼神护卫赶跑了所有摄魂怪。
当哈利再次醒来的时候已经是在校医室的病床上，在邓布利多校长的提示下，赫敏想到了时间转换器，于是转动旋钮和哈利来到了三小时之前：
首先哈利和赫敏来到海格的小屋附近，眼看着刽子手他们就要进门，通过扔蜗牛壳提醒三人组赶紧离开。
接着偷偷将小屋外的巴克比克牵走，于是当刽子手准备行刑时，发现巴克比克跑了，气得一刀将南瓜劈烂！
然后在打人柳附近等上2个小时，当狼人卢平要攻击哈利时，通过叫声将他引过来，被之前救下的巴克比克直接踢飞。
再之后就是赶往湖对面，危急关头哈利一个呼神护卫救下小天狼星和过去的自己，目睹了斯内普来到湖边将小天狼星和过去的自己带回城堡。
最后哈利和赫敏骑着巴克比克来到关押小天狼星的地方，将他救出来，让他赶紧骑上巴克比克逃亡，他俩则赶紧跑回校医室，至此一场时间旅行成功扭转了结局！