DNA测序技术的飞速发展促使了越来越多来自环境样品的未命名和无法培养的真菌被发现，以前的命名法规（即要求以实物材料作为模式）已经不适用于对这些暗类群进行命名。在第12届国际菌物学大会上，针对允许使用DNA序列命名真菌的三项提案均未通过。本文对相关结果进行报道，并呼吁真菌学家们共同寻找切实可行的办法，以促成允许使用DNA序列作为真菌模式的相关命名法规的修订。
导 读
第12届国际菌物学大会于2024年8月11日至15日在荷兰马斯特里赫特召开。经会议表决，三项与允许使用DNA序列命名真菌相关的提案均未通过，其分别为F-005—允许使用DNA序列作为模式命名真菌、F-006—允许使用基因组序列作为模式命名真菌、以及F-007—补充仅从DNA序列数据中获取的真菌名称。简言之，F-005和F-006是直接允许DNA序列或者更严格的基因组序列作为模式命名真菌，而F-007则是在F-005和F-006均未通过的情况下所提出的折衷方案，即允许那些无效地使用DNA序列命名的真菌名称被接受。
图1 图文摘要
自1753年林奈发表《植物种志》开始，分类学家便一直以实物材料作为模式，使用双名法对植物、动物及真菌类群进行命名。直到最近，先进的DNA测序技术促使了越来越多来自环境样品的未命名和无法培养的真菌被发现。由于缺乏实物材料，这些真菌暗类群无法按照“国际藻类、真菌和植物命名法”进行正式命名，这一现状在某种程度上阻碍了学科间的交流。因此，为了命名真菌暗类群，真菌学家计划修订“国际藻类、真菌和植物命名法”，以允许DNA序列作为模式。
修订命名法的核心问题是设立一个允许DNA序列作为模式的可行标准。然而，由于真菌具有极高的物种多样性，使用一个乃至几个条形码序列来界定所有的真菌物种是不太可能实现的。因此，很难选择使用哪些条形码序列作为模式来命名真菌暗类群。就使用全基因组序列作为模式而言，尽管其解析度足以界定真菌物种，但从环境样本中测定和组装全基因组序列在经济技术上的要求远高于使用条形码序列，从而限制了对全基因组序列的广泛应用。
更棘手的是，早在几十年前甚至上百年前就有不计其数的模式标本被存放在标本馆中，从这些标本中得到高质量的条形码序列和全基因组序列非常困难，甚至不可能。此外，由于缺乏可比较的形态特征，目前还没有切实可行的方法来判断条形码序列或全基因组序列是否确实来自新发现的真菌类群，而非以前已命名但未进行测序的物种。以上，可能是导致提案未通过的主要原因。
展 望
在科技高速发展的今天，笔者相信并希望看到未来能将全基因组序列作为模式来对真菌暗类群、甚至所有真菌类群进行命名。同时，在人工智能技术不断进步的新时代，真菌分类学家可以与人工智能领域的专家合作，以实现基于DNA序列自动识别和鉴定真菌物种。这一成就将有助于加速人们对真菌的认识，从而促进对这些真菌资源的合理利用和有效保护。
责任编辑
姜博晨 上海交通大学
孙少龙 华南农业大学
https://doi.org/10.59717/j.xinn-life.2024.100098
本文内容来自The Innovation姊妹刊The Innovation Life第2卷第4期以NEWS & BUZZ发表的“Mycologists’ newest unsuccessful effort towards permitting DNA sequences as the nomenclatural types” (投稿: 2024-08-31；接收: 2024-10-09；在线刊出: 2024-10-21)。
DOI: https://doi.org/10.59717/j.xinn-life.2024.100098
引用格式: Wang X., and Zhou L. (2024). Mycologists’ newest unsuccessful effort towards permitting DNA sequences as the nomenclatural types. The Innovation Life 2(4), 100098.
作者简介
周丽伟 中国科学院微生物研究所研究员，博导，中国科学院青年创新促进会会员，主要从事真菌分类与系统演化研究，在完善真菌生命之树的基础上，探究真菌物种多样性形成及重要生物学性状的起源演化机制，并开展大型真菌保护及相关资源的开发利用研究。相关工作发表SCI论文100余篇，H指数25，其中以第一或通讯作者（含共同）在Fungal Diversity、IMA Fungus、Fungal Biology Reviews、Mycosphere、Food Chemistry等期刊发表SCI论文70余篇。获省部级科研一等奖1次（个人排名第5）、二等奖3次（个人排名第3或第4）。
http://mycolab.im.ac.cn/zhouliwei/zzjj/202112/t20211229_677061.html
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期刊简介
The Innovation是一本由青年科学家与Cell Press于2020年共同创办的综合性英文学术期刊：向科学界展示鼓舞人心的跨学科发现，鼓励研究人员专注于科学的本质和自由探索的初心。作者来自全球58个国家；已被151个国家作者引用；每期1/5-1/3通讯作者来自海外。目前有200位编委会成员，来自22个国家；50%编委来自海外(含39位各国院士)；领域覆盖全部自然科学。The Innovation已被DOAJ，ADS，Scopus，PubMed，ESCI，INSPEC，EI，中科院分区表(1区)等收录。2024年影响因子为33.2，2024年CiteScore为38.3。秉承“好文章，多宣传”理念，The Innovation在海内外各平台推广作者文章。
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