GF小鼠——无菌小鼠 SPF小鼠——无特定病原体小鼠，拥有正常菌群 14SM小鼠——只拥有少量和有限的肠道微生物的小鼠，包括阿克曼菌等14种细菌。
FF饮食——无纤维饮食 IN饮食——用菊粉替代了FF中10%的葡萄糖的饮食 FS饮食——用粗纤维替代了FF中10%的葡萄糖的饮食，粗纤维是自于苹果、小麦、燕麦、豌豆和洋车前子的等量粗纤维混合物。 SC饮食——标准饮食。SC1和SC2来自不同厂家，除了膳食纤维种类的差别，其他营养成分相同。
肠道细菌定植状态和饮食都对宿主免疫产生了明显影响，包括肠道固有层、脾脏和肺的免疫细胞类群，当然对肠道的影响最大。另外菌群的影响还要强于饮食。 原本相同饮食的SPF小鼠，40天不同饮食后，标准饮食（SC饮食）的小鼠肠道中富集了降解纤维的菌，比如Prevotellaceae、Lachnospiraceae、Muribaculaceae 和 Eubacterium 。而无纤维饮食（FF饮食）的小鼠肠道中富集了降解黏液蛋白的菌，比如瘤胃球菌科和阿克曼菌。两组小鼠的肠道免疫细胞类群不同，FF饮食小鼠的特征是肥大细胞、CD11c 细胞、总ILC、总T细胞、CD62LCD44 T细胞、LyC6CD8 T 细胞（CD44 +）和CD4 T细胞增加。 原本相同饮食的SPF小鼠，40天不同饮食后，肠道微生物发生了明显区别，菊粉饮食（IN饮食）小鼠肠道富集了大量产生丁酸的细菌。与FF饮食小鼠相比，IN饮食和FS饮食（粗纤维饮食）小鼠肠道免疫细胞类群明显不同，脾脏和肺的免疫细胞类群也不相同。比如脾脏中的Th（辅助性T细胞）和Treg亚群随纤维类型而变化，其中Th17细胞、Tbet-Treg 和 RORgt+Treg 在菊粉饮食组中富集，而Th2细胞和 GATA3-Treg则在 SC2 和FS组中富集；与标准饮食SC1组相比，FF饮食组肺中总T细胞和各种亚群（即 CD44++-CD62L、CD5和CD8）水平升高。 与其他4种纤维饮食相比，无纤维饮食（FF饮食）小鼠的短链脂肪酸（SCFA）合成能力受损。与 SC1组相比，FF组的盲肠乙酸盐、丁酸盐和丙酸盐明显降低，而异丁酸酯和异戊酸酯（即支链氨基酸微生物代谢衍生的支链脂肪酸）显著增加增加。且FF组小鼠盲肠中次级胆汁酸显著减少。 5种饮食组相比，在微生物组和盲肠代谢组方面，菊粉饮食（IN饮食）与两种标准化饮食组更为相似。IN饮食和两种标准化饮食组的B族维生素明显增加，而在FF和FS喂养的小鼠中，B族维生素的浓度降低或不存在。具体而言，SC1、SC2 和IN组核黄素（维生素 B2）、烟酸酯（维生素 B3 ）、泛酸酯（维生素 B5）和维生素B6的浓度较高，而FS和FF组几乎不存在。 宏代谢组学分析显示，FF组小鼠盲肠B族维生素合成减少而消耗增加。与IN组相比，FF组叶酸和B12合成能力减小，而B2、B3、B7利用能力增加。与FF组相比，IN组B1、B2、B3、B7和B12的参与合成/利用比率更高; SC2组B2、B3、叶酸/B9和B12的合成/利用比率更高。在这三组中，负责合成和降解维生素的微生物种类明显不同。