苏昕课题组开发特异性靶向双链核酸序列的新工具



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研究背景
      双链核酸的序列特异性靶向是分子诊断和原位成像的重要组成部分。CRISPR相关蛋白(Cas)在crRNA的引导下,通过识别原间隔区相邻基序(PAM)来切割靶标核酸。然而,CRISPR-Cas系统对PAM的依赖性以及脱靶效应不仅限制了其靶标范围,且影响了其识别特异性。这促使开发新的工具箱。DNA修饰酶在DNA的操纵和修饰中起着至关重要的作用。这些酶广泛应用于分子生物学、基因工程和纳米生物技术中,有望用于开发双链核酸特异性识别新工具。
研究结果与展望

      苏昕教授团队研究了多种DNA修饰酶,以寻找用于双链核酸识别的新工具。他们采用单分子荧光共振能量转移(smFRET)实验,研究了噬菌体λ外切酶(λ Exo)与其底物的相互作用机制。证明了λ Exo在5'-磷酸化单链DNA(pDNA)的引导下能结合到含有pDNA互补区域的双链DNA(dsDNA)或DNA-RNA duplex。这种结合作用可在室温或体温环境下实现,且不需要任何如PAM样的特定基序。在结合后,λ Exo在Mg2+的存在下将pDNA消化成核苷酸(图A)。利用这一特性,λ Exo-pDNA系统能够快速、等温地检测病原体基因和单核苷酸突变,并支持双链核酸响应的DNA逻辑电路,用于逻辑和扩增操作。此外,还可以实现基因组位点的原位荧光成像(图B)。该系统在靶标范围、常温操作和序列特异性等方面,相较于现有的工具如TALEN、PfAgo 和 CRISPR-Cas有了显著提升。λ Exo-pDNA系统将有可能成为分子诊断、DNA计算和原位成像等领域的下一代工具。

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作者简介

      论文通讯作者苏昕是北京化工大学教授,国家级青年人才。课题组长期致力于DNA分子组装与操纵以及相关酶分子的基础研究,已经开发多种先进的DNA分子探针,在病原体检测、肿瘤标志物诊断、活细胞成像等领域实现应用。课题组博士生付胜男为论文第一作者。

《自然-生物技术》Nature Biotechnology
DOI: 10.1038/s41587-024-02388-9




Bacteriophage λ exonuclease and a 5′-phosphorylated DNA guide allow PAM-independent targeting of double-stranded nucleic acids