针对第1项违法行为，依据《中华人民共和国消防法》第六十条第一款第一项，对该公司罚款5万元；针对第2项违法行为，依据《中华人民共和国消防法》第六十一条第一款，对该公司责令停产停业并罚款5万元。两项处罚合并，某消防救援机构决定责令该公司停产停业，并处10万元罚款。
《中华人民共和国消防法》第十六条规定，机关、团体、企业、事业等单位应当按照国家标准、行业标准配置消防设施、器材，设置消防安全标志，并定期组织检验、维修，确保完好有效。《住宿与生产储存经营合用场所消防安全技术要求（XF703-2007）》9.1规定：“灭火器的配置应符合GB50140的规定。”《消火栓箱规范（GB14561-2003）》对消火栓设置间距、水压强度等都有明确规定。单位违反消防法规定，消防设施、器材或者消防安全标志的配置、设置不符合国家标准、行业标准，或者未保持完好有效的，依据《中华人民共和国消防法》第六十条第一款第二项，责令改正，处五千元以上五万元以下罚款。本案中，某农产品批发市场有限公司消火栓间距位置不符合规范要求且水压不足，消防系统设置不符合国家标准，应当依据本条对其进行处罚。
公众聚集场所的消防安全由本单位全面负责，实行消防安全责任制。公众聚集场所应当依法确定消防安全管理人，负责场所消防工作，不应在公众聚集场所的经营、储存等区域设置人员居住场所。为避免造成重大人员伤亡和财产损失，公众聚集场所内严禁附设经营、存放和使用甲、乙类火灾危险性物品的商店、作坊和储藏间等。依据《中华人民共和国消防法》第十九条，生产、储存、经营易燃易爆危险品的场所不得与居住场所设置在同一建筑物内，并应当与居住场所保持安全距离。生产、储存、经营其他物品的场所与居住场所设置在同一建筑物内的，应当符合国家工程建设消防技术标准。生产、储存、经营易燃易爆危险品的场所与居住场所设置在同一建筑物内，或者未与居住场所保持安全距离的，依据《中华人民共和国消防法》第六十一条第一款，责令停产停业，并处五千元以上五万元以下罚款。本案中，某农产品批发市场有限公司合用场所违规住宿并储存易燃易爆危险品，应当依据本条对其进行处罚。