2012年来，菲律宾海岸警卫队在裹挟中完成阶段升级，由内向型应急力量转型为内外并重型海上力量。由于历史的原因，菲律宾海岸警卫队带有浓厚“美式”特征，其组织机构与指挥体系最为明显。
一
1896年至1898年，菲律宾人民推翻了西班牙殖民统治，于1899年成立菲律宾共和国，先后建立陆军、海军。1899年2月4日，美国不宣而战，菲律宾当局投降派战胜抵抗派，接收美国的“开明同化”。
美国武力侵占菲律宾后，立即着手建立殖民统治机构。1901年，美国在菲律宾大多数省份建立殖民机构，即所谓民政管理机构。菲律宾共和国时期建立的海军，装备极其简陋，最大军舰为缴获的西班牙商船，各类舰船无法进行海上作战，主要作为运输船使用，将军队运输至数量众多的岛屿。1898年，菲律宾共和国残存舰船被美国抢占。1901年10月7日，美国殖民当局在菲律宾设立海岸警卫与运输局，政府行政部门定位，隶属于商务及警察部，以加强军事控制。这就是菲律宾海岸警卫队的前身。
1946年7月4日，菲律宾取得独立后，政府将海岸警卫部门的一些职能转移给菲律宾海军巡逻队。海军巡逻队后发展为菲律宾海军。
1967年8月6日，菲律宾国会制定了共和国第5173号法案(也称《菲律宾海岸警卫法》)，正式确立菲律宾海岸警卫队归海军管辖——这是小国海上力量常见组织形式。与此同时，海岸警卫职能工作再次被转交给菲律宾海岸警卫队。由于海岸警卫职能的民事服务性质，
1998年3月30日，菲律宾海岸警卫队从海军中分离出来，恢复准军事部队身份，上级机构为交通部。当前，菲律宾海岸警卫队是继菲律宾武装部队、菲律宾国家警察之后的第三支武装力量。战时，菲律宾海岸警卫队隶属国防部。
二
菲律宾海岸警卫队总部在国家首都马尼拉，设置司令办公室、行政副司令办公室、行动副司令办公室、参谋长办公室，行政副司令、行动副司令、参谋长，协助司令开展工作。
总部下设13个职能部门，主要包括:人力资源、情报、行动、后勤、国际事务、民事关系、海事安全服务、海洋环境保护、船舶与飞机工程、船载系统、教育培训、战略研究、审计等。直属支援单位包括：法律服务、立法联络事务、医疗服务、牙科服务、牧师服务、兽医服务、护理服务、公共事务、指挥中心、通信站等。
菲律宾海岸警卫队由菲律宾海岸警卫队司令领导，司令军衔为上将，海上执法直接向交通部长汇报，战时向国防部长汇报。行政层级分为总部、区、站、分站。整个菲律宾群岛，从最北端巴丹群岛省的巴士古，南至塔威塔威省，共分15个海岸警卫区，警卫区下辖海岸警卫站，海岸警卫站下辖海岸警卫分站。目前，菲律宾海岸警卫队编制有近60个海岸警卫站，近200个海岸警卫分站。其中，海岸警卫区负责辖区内事务，在辖区内开展海上安全行动、人道主义援助、维护执法和环境保护，司令为上校或准将军衔。
当前，菲律宾海岸警卫队将吕宋岛、米沙鄢、棉兰老岛群岛分为15个海岸警卫区，分别是：
国家首都地区-吕宋岛中部海岸警卫区、吕宋岛东北部海岸警卫区、吕宋岛西北部海岸警卫区、南塔加洛海岸警卫区、巴拉望海岸警卫区、比科尔海岸警卫区、东米沙鄢海岸警卫区、西米沙鄢海岸警卫区、中米沙鄢海岸警卫区、南米沙鄢海岸警卫区、棉兰老岛北海岸警卫区、棉兰老岛东北海岸警卫区、棉兰老岛东南海岸警卫区、棉兰老岛西南海岸警卫区、棉兰老岛穆斯林邦萨摩洛自治区海岸警卫区。
三
参照美国军队常设指挥所模式，菲律宾海岸警卫队设有3个专职指挥单位。
海上安全司令部 (MARSECOM)，负责整体领土巡逻、监视和执法行动；海洋环境保护司令部 (MEPCOM) ，通过海事监测和执行海事监管行动，负责全面的海事环境执法、保护和控制；海上安全服务司令部 (MSSC) ，负责船舶安全的全面海上监视、航行监视并确保海上航行安全，下辖K-9爆炸物处理小组。K-9爆炸物处理小组成立于2002年，司令为少校军衔，编制有爆炸物处理专家，另有大量警犬，分散部署在各大港口。
主要部队包括：海岸警卫队舰队，装备各型水面执法舰船，是主要执法力量；海岸警卫队航空大队，1998年5月18日成立，规模较小，基地位于马尼拉国际机场。正处于发展之中；特种作战大队，成立于1972年，是菲律宾海岸警卫队直接控制的国内反恐和执法单位，参与了马拉维危机作战行动；辅助部队，由文职人员组成，总人数在1000人左右。
与同时期从海军独立出来的越南海岸警卫队相比，菲律宾海岸警卫队的组织机构、指挥模式更为“美式”，最大问题是缺乏部队供指挥。