在食管疾病中，最让人担心和惧怕的非食管癌莫属。食管癌是指发生于食管的恶性肿瘤，癌的生长没有任何边界、不受任何限制，像螃蟹一样横行霸道，任意繁殖扩散，无论坚硬的骨骼，还是坚韧的筋膜，都可以被这个“螃蟹”侵犯破坏。现代医学飞速发展，但仍然对大部分进展期癌无可奈何，广大百姓仍然“谈癌色变”。食管的管壁由内向外可以分为黏膜层、黏膜下层、肌层和外膜 4 层，而黏膜层由内向外又可以分为上皮层、固有层和黏膜肌层 3 层，其中上皮层与固有层的分界在医学上称为基底膜。食管癌是由食管壁最内层的上皮层细胞癌变而导致的。正常上皮在局部炎症反应或致癌因子的刺激下可能发生良性增生，反复良性增生可能导致部分正常上皮细胞“叛变”，成为具有癌变可能的“恶性细胞”。“恶性细胞”在早期局限在“上皮层”内部，没有突破基底膜，这个阶段称为异型增生或上皮内瘤变；如果“恶性细胞” 继续生长蔓延突破基底膜，即发生癌变。这就是正常上皮组织在致癌因子的作用下由良性增生转变为异型增生，再由异型增生进展为癌的过程。
正常食管的上皮层细胞在显微镜下形态类似于鳞片，在医学上称为“鳞状上皮”，起源于食管鳞状上皮的癌即为食管鳞癌。鳞癌是我国食管癌最主要的病理类型（占 90% 以上），尤其高发于河南、山西、河北南部、福建沿海地区等，可能与年龄增长、吸烟、饮酒、热烫饮食习惯、吃剩饭和腌制食物习惯等因素有关。
胃的上皮形态与食管不同，是更适应胃内酸性环境的腺上皮。如果食管下段括约肌功能不足，酸性的胃内容物会反流入食管，对食管上皮造成损伤。长此以往，食管下段与胃交界处的上皮便由鳞状上皮转化为与胃内上皮类似的腺上皮，以更适应酸性环境，这种病理改变在医学上称为“巴雷特食管”。在胃酸或其他致癌因子的进一步刺激下，“巴雷特食管”的腺上皮可能会发生良性增生、异型增生和癌变，这就是食管腺癌的发病过程。食管腺癌是西方国家食管癌的主要类型，其发病主要与年龄增长、肥胖、胃食管反流等因素相关。我国随着经济社会的发展和饮食习惯的部分西方化，巴雷特食管和食管腺癌的发病率亦有一定增高趋势。
由此可见，无论食管鳞癌还是腺癌，都不是在一朝一夕发生的，而是正常的食管上皮在致癌因子的长期刺激下逐步进展而来的。因此，改变不良生活和饮食习惯，可以避免部分食管癌的发生；高危人群定期做胃镜检查，可以在癌前阶段和早期阶段发现食管癌。