NTRK基因融合是用于泛癌种靶向治疗重要的分子标志物,随着两款泛癌种靶向药物拉罗替尼和恩曲替尼的获批上市,以及临床数据卓越,NTRK基因已成为全球最火的抗癌靶点之一。
拉罗替尼(Larotrectinib)
2018年11月27日,FDA宣布批准larotrectinib(拉罗替尼)上市,用于治疗NTRK基因融合阳性的局部晚期或转移性实体瘤的成人和儿童患者。
55例患者共17种不同类型NTRK 融合的恶性肿瘤。结果显示:客观缓解率(ORR) 为 75%(独立评审)和 80%(医生评审)。
今年4月,中国国家药品监督管理局(NMPA)批准larotrectinib(拉罗替尼)上市,用于治疗经充分验证的检测方法诊断为NTRK基因融合且无已知获得性耐药突变,局部晚期、转移性或手术切除可能导致严重并发症,没有令人满意替代治疗方案或既往治疗失败的泛实体瘤成人和儿童患者。
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恩曲替尼(Entrectinib)
2019年8月15日,FDA宣布批准entrectinib(恩曲替尼)上市,用于治疗NTRK基因融合阳性的晚期复发实体瘤成人和儿童患者。
54名NTRK基因突变的癌症病人,涉及的癌症种类包括肉瘤、乳腺癌、肠癌等,其中22%的患者出现了癌症脑转移。对于NTRK基因突变患者:54位患者中,有31位患者肿瘤明显缩小,客观有效率57%,其中42位没有脑转移的患者有效率59.5%,12位有脑转移的患者有效率50%。
今年7月,Entrectinib(恩曲替尼)获得中国国家药品监督管理局(NMPA)正式批准,适用于经充分验证的检测方法诊断为携带NTRK融合基因且不包括已知获得性耐药突变,患有局部晚期、转移性疾病或手术切除可能导致严重并发症,以及无满意替代治疗或既往治疗失败的成人和12岁及以上儿童实体瘤患者。
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NTRK具有促进神经系统发育和致癌的双重功能。神经生物学和肿瘤学研究者分别发现了神经营养因子酪氨酸受体激酶(NTRK)的2种不同生物学功能。
上个世纪50年代,研究者发现一些神经营养因子如NT3、NT4、BDNF参与了神经系统的发育过程,之后的1991年,营养酪氨酸受体激酶(NTRK)被发现是这些神经营养因子的受体。1982年,研究者在结直肠癌中鉴定出NTRK融合突变,首次发现其作为原癌基因的功能,随后在甲状腺癌、纤维性星形细胞瘤等多个肿瘤中同样发现了NTRK的融合突变。
正常NTRK的激活需要神经营养因子,通过MAPK、PI3K、PKC通路调节细胞增殖。神经营养酪氨酸受体激酶家族的3个成员NTRK1、NTRK2、NTRK3基因分别编码了TRKA、TRKB和TRKC蛋白。NTRK是跨膜蛋白,胞外部分主要由半胱氨酸簇C1和C2、亮氨酸富集区LRR1-3、免疫球蛋白类似序列Ig1和Ig2,激酶结构域(KD)则位于胞内。神经营养因子配体和NTRK的Ig2结构域结合后引起NTRK的二聚化,进而激活胞内的激酶结构域并招募相关细胞质适配蛋白,从而激活下游通路促进细胞增殖。NTRK主要通过激活MAPK、PI3K、PKC通路来启动分化、生长基因的转录。
NTRK通过MAPK、PI3K、PKC三条通路调控细胞增殖
NTRK突变以融合突变为主,融合的NTRK基因异常的持续激活,导致肿瘤发生。染色体重排有时导致另外一个基因的3’端和NTRK的5’端相连,编码“上游基因-NTRK”融合蛋白(类似于BCR-ABL融合)。如果上游基因包含可促进二聚化的结构域,将导致融合蛋白可在没有配体的情况下自发的二聚化,即异常的组成型激活,最终导致细胞的异常增殖和肿瘤发生。
常见的可和NTRK融合的上游基因包括LMNA、TPM3、PAN3、ETV6等,不同的肿瘤也有各自常见的NTRK上游基因。
5’端融合其他基因可使NTRK异常的持续表达
NTRK基因融合已被确定为泛实体瘤成人和儿童患者的致癌驱动因素。总体而言,具有NTRK基因融合的实体瘤很少见,整体阳性率为 0.3%。在成年患者(≥18岁)和儿科患者(<18岁)的NTRK基因融合阳性率分别为 0.28%和 1.34%;发病率随着年龄的降低而增加,5岁以下儿童的NTRK基因融合阳性率最高,为 2.28%。在中国(或亚洲)癌症患者中,NTRK基因融合阳性率为 0.4%。
NTRK基因融合在常见肿瘤类型中的发生率非常低,例如肺癌(0.2%)和结直肠癌(0.3%)。然而,在罕见的肿瘤中很常见,包括婴儿纤维肉瘤(90.6%),分泌性乳腺癌(92.9%),分泌性唾液腺癌(79.7%),先天性中胚层肾癌(21.5%)。
不同融合型在不同肿瘤中的发生率
值得注意的是,大瘤种虽然NTRK融合阳性率低,但由于患者基数较大,实际患病人数依然可观。
目前,多个癌种相关治疗指南中均推荐检测NTRK基因检测。
2022年8月25日,我国首部《中国实体瘤NTRK融合基因临床诊疗专家共识》正式发布。
针对NTRK融合基因治疗建议、检测方法、检测时机、质量控制提出共13条共识。
共识
共识1:所有晚期成人实体瘤和儿童实体瘤患者均建议进行NTRK融合基因检测,并且根据不同癌种的特性采取不同的检测策略。(推荐级别:强烈推荐)
共识2:晚期成人实体瘤和儿童实体瘤患者应该在标准治疗前或者治疗期间考虑进行NTRK融合基因检测;NTRK基因融合发生率高的局部晚期肿瘤患者应在新辅助治疗前进行检测。(推荐级别:强烈推荐)
共识3:使用覆盖NTRK基因内含子区域的NGS DNA panel或者全外显子组检测作为NTRK融合基因检测的首要手段,NGS RNA panel或者转录组作为NTRK融合基因检测的重要补充手段。NGS RNA panel比 DNA NGS panel具有更高的灵敏性,尤其在IHC呈阳性,DNA NGS panel检测阴性的情况下建议RNA NGS panel确认。在条件允许的情况下推荐同时提取FFPE切片的DNA和RNA,以达到并行开展DNA和RNA 测序的目的。(推荐级别:强烈推荐)
共识4:ETV6-NTRK3 FISH检测可以作为NTRK融合基因发生率高的肿瘤的确诊手段,其他类型实体瘤则不建议。检测阳性患者建议进一步通过NGS检测确认相关结构变异事件是否具有生物学功能。(推荐等级:推荐)
共识5:RT-PCR检测可以作为NTRK融合基因发生率高的肿瘤和在已知伴侣基因的情况下的确诊手段,如:ETV6-NTRK3的NTRK融合基因。其他类型实体瘤则不合适。同时建议使用NGS检测手段作为RT-PCR阴性患者的补充检测手段。(推荐等级:推荐)
共识6:pan-TRK IHC可以作为NTRK融合基因发生率较低、NTRK基因不表达且常规条件下不推荐NGS DNA panel方法的癌种初筛方法。也可以作为NGS检测手段的复核手段。(推荐等级:推荐)
共识7:按照NTRK 基因融合事件发生率、TRK蛋白生理性表达和NGS检测普及度,建议以30%普及度作为区分普及度高低的标准,分为三类肿瘤并进行NTRK融合基因检测。(推荐等级:推荐)
共识8:建议各医院病理科建立起NTRK检测的标准流程表,联盟定期发布各癌种NGS检测临床意义重要性分级建议,在肿瘤精准诊疗快速发展的过程中以NTRK融合基因检测为标志,积极促进各级医院精准诊疗的发展。(推荐等级:推荐)
共识9:各类检测应该在具有医学检验资质的实验室中进行,建议选择通过如ISO15189、CAP、CLIA等权威机构认证的实验室。实验室需要按规范开展NTRK室间质控与室内质控。(推荐等级:强烈推荐)
共识10:通过病理质控的FFPE肿瘤组织方可用于NTRK 融合基因检测。在肿瘤组织获取困难或FFPE样本中肿瘤细胞含量不足的情况下,晚期肿瘤患者可选择采集外周血进行基于ctDNA的检测;一般来说新鲜样本是RNA检测最佳材料,如可以获取且确保取材含有足够肿瘤组织/细胞的新鲜样本,也可以用于DNA+RNA检测,但因取材经验不足,可能存在取样组织中肿瘤细胞含量不足的风险;推荐活检组织在10%福尔马林中浸泡6-12小时,手术组织浸泡24-48小时。选择FFPE样本做DNA和RNA NGS检测时,尽量选择最近时间段的样本,原则不应超过两年。选取的切片中需要有一定比例的肿瘤细胞,以满足不同检测平台的检测要求。一般做IHC或者FISH时,至少需要50个肿瘤细胞;RT-PCR需要至少5%的肿瘤细胞;NGS检测建议样本的肿瘤细胞含量至少在20%以上。
如果切片中肿瘤细胞含量太少,可以考虑显微切割等方式进行肿瘤组织的富集。切取不同患者肿瘤样本时应有效清理或者更换刀片和摊片池水,避免蜡片交叉污染。
包含NTRK 融合基因的NGS DNA检测产品必须注明融合基因探针覆盖区域(包括内含子),为尽量避免假阴性,建议选择覆盖区域比较完整或者同时含有NGS RNA检测的产品。(推荐等级:强烈推荐)
共识11:检测报告除了常规基本信息与质控信息外,应该包括样本肿瘤细胞含量的比例、是否经过显微切割富集肿瘤组织及细胞、提取的DNA浓度和纯度等指标。NGS检测报告融合阳性需要包含断点染色体位置信息、酪氨酸酶结构域包含情况和是否框内转录等信息。NGS报告中符合酪氨酸激酶结构域包含和非阅读框改变才可考虑报NTRK 融合基因,不满足的情况下需要报NTRK融合基因。(推荐等级:强烈推荐)
共识12:不同检测方法之间结果不一致、新发现融合伴侣或者融合基因结构、复杂融合事件、未能清晰判断是否为框内转录、未能清晰是否包含完整酪氨酸酶结构域或者多个驱动基因阳性等其他临床医生有疑问的情况下,建议通过MTB(分子肿瘤专家委员会)讨论后决定下一步治疗方案。(推荐等级:强烈推荐)
共识13:建议NTRK融合基因的实体瘤患者临床使用拉罗替尼、恩曲替尼等TRK抑制剂或者参加相关TRK抑制剂临床试验。NTRK融合基因耐药患者推荐使用NGS检测发现耐药突变,以便于判断是否适合参加二代TRK抑制剂治疗或者临床试验。(推荐等级:强烈推荐)
参考文献:
1.DOI:10.1111/1759-7714.14644
2.DOI: 10.1111/ajco.13727
本文作者:医世象 叶子,转载请联系授权。
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