1945年，爱因斯坦利用时光机改变了历史，在希特勒成为德国元首之前将其抹杀，结果导致苏联的崛起与扩张，第二次世界大战如期爆发。
二战虽以美国、欧洲等资本主义同盟国胜利而告终，但是苏联对这个结果并不认可，并在蛰伏数十年后，于1982年全面进攻美国和欧洲，在心灵部门领导人尤里的辅佐下，苏联打响了第三次世界大战……
盟军战役08：危机边缘
苏联的核弹给予了美国沉重的打击，为了让因为畏惧苏联核弹而作壁上观的欧洲国家，加入到反抗苏联的阵营中来，指挥官安排了以谭雅为首的突击小队袭击了库页岛，苏联原本用于采集浓缩铀、生产核武器的工厂也在此次袭击中被摧毁。
不过，苏联仍保有少量的核弹头，对于欧洲的威胁仍然存在，幸运的是，经过情报部门的调查，苏联所有的白杨M发射台都坐落在俄罗斯克拉斯诺达尔边疆区的格连吉克，仅有的六枚MIDAS弹头也位于此处。
这是一个机会，如果能够摧毁这片区域所有的核弹发射台与核弹头，那么就能一举解除苏联对欧洲联盟的核威胁，这样欧洲联盟就能下场与美国一起反击苏联。
然而，苏联对这片区域严防死守，任务难度非常高，仅靠如今的美国难以完成这项任务。
经过多方交涉，以日本为首的太平洋阵线，旗下的军工企业金川工业，为这次计划提供了技术支持，而欧洲联盟则提供了人手，由指挥官领导，只要登陆部队一上岸，当地苏俄军队的通信就会被切断，为了防止当地驻军启动备用计划立刻发射导弹，指挥官必须想办法在短时间占领当地的雷达站，定位洲际导弹的位置，迅速摧毁所有的白杨M发射台。
任务开始，经过由海豹部队组成的先头部队的努力奋战，格连吉克沿岸被清理出了一片安全的登陆区，指挥官立刻派了一小队援军赶来支援，两支部队兵合一处，开始向当地的雷达站进发。
从登陆点到雷达站，沿途要经过敌人多个哨点，凶险异常，但是，指挥官有特殊的捷径。没错，那就是气垫船翻山越岭之术。
这项技术还处于测试阶段，但是据说在未来的2042年，该技术已经彻底成熟，之后的气垫船甚至连垂直爬墙都没问题。
通过这个黑科技，盟军成功突袭了苏联雷达站，已经潜伏数周的盟军间谍，在与突击队会合后，帮助指挥官连接上了苏联的雷达系统，成功调查出当地白杨M发射台的所在位置。
在得到白杨M发射台的具体位置后，指挥官立刻安排金川工业关闭当地苏联的防空设施，随后派出空降部队对这些白杨M发射台发动突袭。
由于这次突袭作战太过隐秘，当地苏联军队根本没有时间装载核弹头，因此虽然在战斗过程中，苏联守军尝试发射了一枚洲际导弹，但却因为故障发射失败。
最终，除了两个没有携带弹头的发射台以外，其它所有的白杨M导弹都被摧毁，暂时解除了后顾之忧的欧洲联盟，也在之后开始尽可能给予美军更多的支持。
但是，当欧洲联盟在格连吉克执行摧毁白杨M发射台的任务时，情报部门发现，苏联的盟友CN，似乎也加入到这场战争中来……
盟军合作任务05：战争科学
在格连吉克摧毁了三分之二的MIDAS后，盟军情报部门调查出，CN军队在波兰南端的小镇扎科帕内进行新的核武器研究。
CN国力强盛，他们是有足够的能力研发核弹的，一旦核武器研究成功，那么库页岛与格连吉克的战果就将失去意义，最后，美国决定派遣两名指挥官，去指挥包括从库页岛返回的谭雅在内的两支小型特遣部队，想办法把这个麻烦给除掉。
经过一段时间的长途奔袭，盟军突击队来到了已经被CN军队占领的扎科帕内。
按照计划，由两位指挥官共同指挥，谭雅带队进攻CN用于研发核弹的原子核心。推进很顺利，谭雅与光棱攻城兵的激光锐不可当，虽然CN设置的重机枪塔短暂地阻碍了突击小队的前进，但是利用CN自己的导弹发射井，这些重机枪塔也没有给这次任务造成太大的困扰。
不过，从沿途救下的欧洲盟军士兵处得知，CN部队已经响应苏俄的调动，而从库页岛事件以来，苏联就大幅度增加了他们征服欧洲的速度，一切都如情报所说的那样。
这不是一个好消息，这个情况必须马上反馈到总部，而当务之急，是破坏CN的核弹开发计划。
谭雅小队加大了对原子核心的进攻力度，后方也派出了更多援军进行支援，很快，CN在扎科帕内建立的原子核心被摧毁，CN的核弹研发暂时搁浅。
然而，正如盟军所担忧的那样，谭雅将她在波兰得到的情报反馈到总部后不久，CN就正式进军欧洲战场。
厄普西隆战役07：另辟蹊径
镜头来到了厄普西隆阵营，尤里正在与手下最优秀的指战员——异教谈话，他向异教介绍了目前苏联所面对的种种问题。
虽然美国组织的抵抗被粉碎，但是美国民兵依然在不断骚扰苏联军队，只有圣路易斯的保存完好，但是这全都是因为那位苏联将军（玩家）的功劳，一旦他因为别的任务离开，美军就会立刻发动反击。
无论是成就还是能力，这位苏联将军都与异教不相上下，而另一位盟军的指挥官，表现同样非常出色，近期甚至还袭击了苏联主要的MIDAS弹头制造工厂。
有趣的是，苏联最高指挥部并没有公开这件事情，而尤里也料敌先机，提前转移了其中两枚导弹，并抹去了大多数人关于它们的记忆。或许，这两枚导弹在下一阶段的计划能起到至关重要的作用。
顺带一提，CN参战了，和苏俄一起入侵了欧洲，同时，CN也向日本单独发起了进攻。虽然CN很强大，但是其国内反动派依然在伺机而动，CN政府对此非常头疼。
尤里帮助CN，在他们境内建造了一座心灵信标，用以对付叛军，作为交换，他们同意尤里派人在CN以及日本的CN占领区内开战工作。
尤里的计划是，利用这个机会突袭日本在鹿儿岛的金川工业，窃取新的科技资料，但是因为这不属于尤里和CN的交易条件之一，所以尤里不能派遣超能力部队，不出意外，这次任务的指挥又是异教。
由于无法明目张胆的派出心灵部门的军队，因此，尤里直接控制了驻日的CN将军，这位CN将军惟异教命是从，而异教本人更是直接派工程师拿下了将军的生产建筑，可以说，目前异教已经完全控制了这位将军和其旗下所有的部队。
这次任务目标很简单，想尽办法占领金川工业的科技中心，利用金川工业的科技与心灵部门的心灵幻象技术相结合，尤里就能制造属于厄普西隆的隐形坦克了。
而日本的金川工业并不知道这次进攻是由心灵部门主导的，但是面对强大的CN军队，他们还是派出重兵防守科技中心，而CN的武器装备虽然拥有不错的火力，但是缺少机动性，无法进行突袭战，异教前期只能积蓄实力，准备用大军强行打穿金川工业的防线。
事实证明，这个策略非常有效，CN的军备一路所向披靡，很快就打到了金川工业的科技中心，一如此前进攻日本之态势。虽然正面突破给己方也造成了不小的损失，但是好在这些部队都是CN的，异教倒也不心疼。
利用CN的工程师，异教获得了科技中心里的情报，之后又将这座建筑摧毁，并“帮助”CN将军打扫了战场。
完成这些后，异教及其所属的小部队集体离开了鹿儿岛，CN将军的记忆被清洗，尤里将这场战役的功劳全部归功于CN将军，没有任何人注意到心灵部门和这场战役的关联。
原本打算支援鹿儿岛的CN援军，在得知这位新人将军已经完成了任务后，就停止了前进，转而将目标瞄向了日本的宫崎，这里同样有金川工业的研究基地，CN接下来的任务，就是想办法摧毁这里的开发设施，中断金川工业新武器的研发。