在2022年新一届双一流评选之前，南京医科大学是首批教育部、国家卫生健康委与江苏省政府共建医学院校和江苏高水平大学建设高校，但仍然属于双非院校。
南京中医药大学 是国家“双一流”建设高校和江苏省高水平大学建设高校，是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校。
如果不是很懂的话，会想当然地认为，南京中医药大学 更加厉害！
但老马告诉你，如果你要是跑这两所高校，学习文科，毕业了拿一个重点大学文凭，其实两所学校差不多，毕竟，它们都不是以文科见长的高校。
如果你想学习我国的传统中医，那毫无疑问，你应该选择南京中医药大学，因为，南京医科大学的中医相关，根本就不怎么行，而南京中医药大学，在传统的中医、中药方面，在国内属于顶尖的那一拨，大概4-6名的样子吧。
可是，如果你要是学习西医，那么，南京医科大学比起南京中医药大学来，强得太多了。
在国内独立发展的医科大学里面，（没有在2000年左右高校合并中被兼并）南京医科大学应该是仅次于协和、首都医科大学的存在了。当然，南京医科大学没有被兼并属于幸免来着。估计这会儿南京大学 的 领导，想起来都会肝疼，再不会说出什么像是类似著名的“一瓶牛奶半瓶水”的理论了！可惜时机已经过去了，再想兼并南京医科大学，估计是没有机会了。
很多人会迷信985、211、双一流，但是，你学医的话，实际上和这些头衔没啥大的关系的。你要学习的是治病救人，而不是走捷径：很多985高校把以前的生物相关的教师，弄到医学院去批发性创作论文。
一个合格的医生，一家被群众认可的医院，不是三五年时间可以搞定的。
南京医科大学在医生和附属医院方面的积累，在整个江苏应该都是老大的。
最简单的，从两所学校高考的录取分数上来看，差异也是非常明显的。在最能彰显实力的理科录取上，南京医科大学基本上要全面高出南京中医药大学几十分的。
考生和家长的选择，应该是最具说服力的，这比各种乱七八糟的排名，要靠谱的多。
最后，还是强调一下：南京医科大学要更强一些，不是一些，是强挺多的。
同时，不吹不黑，南京医科大学也是老马最为看好的，江苏省内2022年能够新入围双一流的高校了。
毕竟：全国第四轮学科评估中，公共卫生与预防医学在全国54所参评高校中获评A+等级。临床医学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、药理学和毒理学、免疫学、社会科学总论、化学、材料科学等9个学科进入ESI全球排名前1%，其中，临床医学学科进入ESI全球排名前1‰。
拥有15家承担临床驻点班教学的综合性及专科性附属医院。
就这两项，南京医科大学已经远超很多看起来牛的不得了的985高校的医学院了！（当然，和首都医科大学比还差不少，首都医科大学太牛了）