阿罗拉的骷髅队和伽勒尔的呐喊团规模实在太小，不成气候因此不计在内。
1.火箭队
火箭队在游戏中是在关都和城都地区出现的反派组织，他们的目标是捕捉强大的宝可梦统治世界，超梦就是火箭队制造出来的。他们的首领是坂木老大，但是同时坂木老大也是正规的常磐道馆馆主，主角先在彩虹游戏厅遇见坂木老大，之后希尔佛公司事件中也会和坂木老大交手，最后在道馆战中打赢坂木老大，坂木老大会同意解散火箭队。
但是火箭队有部分人不甘心，还在七之岛和成都地区捣乱，不过因为没有坂木的领导，都是些小喽啰，不值得一提。
动画中火箭队是最厉害的邪恶组织，虽然火箭队三人组就是来搞笑的，但是根据他们的说法和行为，火箭队分布极广，在关都，成都，合众甚至阿罗拉都有踪迹，甚至部分地区的君沙小姐早就了解到火箭队的恶名，剧场版许多反派也都是火箭队成员，比如雪拉比剧场版的大反派。
2.熔岩队
熔岩队在红绿宝石版本以及起源红宝石都有出现，目标是召唤古拉顿扩大陆地的面积。
他们不是单纯的邪恶组织，这一点取决于你玩的版本，在蓝宝石和起源蓝宝石版本中熔岩队是正义的一方，他们会帮助主角对抗水舰队。
在其他版本中熔岩队大家都很熟悉，他们抢走了陨石之后在岩山隧道中被主角发现，但是还是没能阻止唤醒固拉多，失控的固拉多和盖欧卡大战，最终还是主角唤醒裂空座平息了战乱。
最后熔岩队首领赤焰松也认识到了自己的错误，不再作恶。
3.水舰队
水舰队和熔岩队是对立的，熔岩队反派的时候他们就是正派。
首领为水梧桐，想要扩展海洋，崇拜盖欧卡的力量。
他们反派剧情在于抢走了潜水艇，在海底唤醒盖欧卡，盖欧卡和固拉多事件结束后水梧桐也和赤焰松握手言和，不再当坏人。
动画中剧情类似，不过最终结束纷争的并不是裂空座，而是两色宝珠本身互相抵消了力量。
4.银河队
银河队是赤日领导的组织，也是游戏中最强的组织，首领赤日的理想也比其他邪恶组织来的厉害，他想要创造一个新世界！
为此他们在游戏中会召唤帝牙卢卡和帕鲁奇犽，但是最终被主角阻止。
动画中剧情类似，但是实力削弱很多，别说打不过竹兰姐姐了，小刚的不良蛙都能吊打其中干部的毒骷蛙，实在有些不堪。
5.等离子团
等离子团分为两部分，黑白中属于旧等离子团，他们的理念是宝可梦不应该被训练家束缚，并且常常在人群聚集处演讲，估计是讽刺放生吧那群弱子。
黑白二中等离子队分裂成两派，新等离子队转而研究酋雷姆。
虽然等离子团似乎没有什么动机，但是他们的科技非常高，盖诺赛克特就是他们改造出来的，此外酋雷姆和比克提尼他们也研究过，甚至有都市传说称他们的王N就是人和宝可梦的后代，令人深思。
动画中等离子团的剧情因为大地震被删减，直到黑白末尾才有出现，说实话很一般，就是单纯的用机器控制宝可梦来和小智等人对战，根本没有游戏剧情的深度。
6.闪焰团
闪焰团首领是弗拉达利，他们觉得其他人和宝可梦都是碍事的，想要毁灭他们，是极为自私的组织，在游戏中击败库瑟洛斯奇后不管你选择哪个按钮，最终兵器都会爆炸，结果这一炸直接把他们基地炸了，首领失踪闪焰队解散，非常迷惑的组织。
动画中剧情相似，他们捕获了基格尔德而非最终兵器，想要控制基格尔德的力量来统治卡洛斯，但是基格尔德召唤的奇怪植物是众人都无法处理的，最终在主角团的合力之下，众叛亲离的弗拉达利直接被从棱镜塔上击落，估计是摔死了。
唯一亮点就是把小智和忍蛙吊棱镜塔上，让忍蛙实现了物理登顶，可喜可贺。
值得一提的是动画中火系天王帕奇啦和艾岚都是闪焰团成员，但是在最后发现大势已去都纷纷倒戈，是真的二五仔。
给你个机会，你会选择加入哪个组织？