肯定会眨眼，只是相对于不飞的时候，眨眼的频率变少了。
之所以会提出这样的问题，估计是觉得飞行过程中环境变化是很快的，闭眼即使只是一瞬会不会也很危险。
确实，眨眼是有可能会带来危险的，为了尽可能减少这种危险，飞鸟会通过在飞行过程中减少眨眼频率、眨眼时间。
科学家怎么知道的呢？
先来看这只鸟……这是杰西卡 · 约辛斯基(Jessica Yorzinski)博士的杰作[1]。
长得像乌鸦的大尾拟八哥
是不是这鸟觉得很赛博，大尾拟八哥（Quiscalus mexicanus）怎么头上绑了个奇奇怪怪的装备。这个装备是和生产眼球追踪设备的公司合作的，两侧的摄像头可以追踪鸟的眨眼情况。
头顶着两个摄像头的大尾拟八哥，是不是感觉和带着“啤酒帽”的球迷差不多
鸟类眨眼和人类眨眼还是有点不太一样的，鸟有一个瞬膜（nictitating membrane），眨眼的是瞬膜，而不是上眼睑。
瞬膜覆盖在眼角膜外面，就像一个柔软的隐形眼镜，可以保护眼睛避免外物的刺激，比如强大的气流、雨水、风沙等等。哺乳动物没有瞬膜，有的只有点痕迹。
回到研究上
约辛斯基博士在10只大尾拟八哥上都装了这设备，然后就在一个上面有网的空旷院子里追它们，好让它们起飞，乍一看还挺滑稽的。
拍完之后，她把飞行视频分成了几个阶段，从站立和起飞到再次着陆。结果她发现，相比于起飞前和落地的时候，在鸟飞行的时候，会用一种“清晰模式”进行飞行，即眨眼时间更短，眨眼频率更低，几乎不怎么眨眼。而在落地的那一刻，眨眼也会变得非常快速，
c为飞行前，d为飞行中
至于为什么飞行过程眨眼少，眨眼速度快，答案也很简单，因为在快速飞行过程中，与另一个物体的碰撞可能是灾难性的；选择着陆点也是一样。所以在飞行和着陆的关键阶段，最大限度地提高他们的视觉输入是非常有意义的。
当然如果非要杠这个研究结论的话，也不是不可以。
因为从科学的角度来说，这个研究依旧很有限，你看到就是在一个院子里追着鸟飞，所以鸟飞行的时间很短，只有几秒钟，相比于真实情况下，还是差了很多。因此，如果想要得出一个一般性结论，需要观察长途飞行和其他物种眨眼行为的样本。
不过即使做了大规模研究，我觉得得出的结论应该也不会差太多。因为在飞行过程中“眨眼速度快，眨眼频率低”这个规律，在人类飞行员中也是很常见的。
1996年的一项小型研究表明，模拟器中的飞行员在飞行时眨眼更快，眨眼次数更少，尤其是在着陆时[2]；2002年的一项研究表明，飞行员在飞行中视觉要求较高的部分眨眼较少[3]。
结论：鸟飞行的时候眨眼频率低，眨眼速度快。
参考
^https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsbl.2020.0786
^https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/0301051195051651
^https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1207/S15327108IJAP1201_2?journalCode=hiap20