作为一个少数民族政权，清朝防范内乱的力度远远高于抵御外敌。东北和西北等边疆地区的驻防兵力一向不足，因而给了外敌可乘之机。尤其是新疆地区，民族矛盾和外敌交织在一起，使局面更加复杂。
自从平定准噶尔叛乱后，清军在新疆部署了一部分兵力，并发给田地，让这些军人世代驻守此地。但清军兵力原本就不多，还集中在迪化等大城市，面对此起彼伏的敌对势力，经常是心有余而力不足。
太平天国和捻军等义军席卷大江南北，大大牵制消耗了清朝的兵力和财力。新疆内外的各方敌对势力看到机会，蠢蠢欲动，一度使新疆很多地方脱离了清朝的统治。
1864年2月，乌鲁木齐地区发生地震，当时名叫迪化。由于朝廷无力赈济，加上某些势力的怂恿，当地发生大规模武装暴乱，拉开了新疆乱局的序幕。
6月，回族领袖妥明串通清军叛将索焕章，率兵攻打迪化。清军据城而守，要求周围的屯田部队加紧运送粮食，并配合清军守城。在这些屯田部队中，有一位徐学功，南山屯丁的民团首领。
徐有功是戍边军人的后代，从小习练武艺，在南山有很高的威信。为了完成运粮任务，他带来的三个弟弟全都战死，他家共有兄弟八人，他排行老二。
眼看迪化难以守住，徐学功只得退回南山，将附近几县的民团组织起来，加紧修筑工事，联防自保。民团的核心力量是屯丁，平日里经常参加军事训练，武器装备也充足，是支很有战斗力的队伍。
妥明多次发兵攻打南山，不但都没有得逞，遭受到惨重的损失，反而被徐学功趁虚夺取巩宁城。双方拉锯了四五年，南山成为乱世中的一方乐土，前来避难的汉、回等族百姓越来越多。
妥明之乱暴露了清朝在新疆的空虚，终于引来了国外的野心家阿古柏。他原本是浩罕汗国的军官，这个中亚国家正受到俄、英两国的挤压和侵蚀，自身已经岌岌可危。阿古柏不顾国际法，闯入新疆，纠集起一支反动军队，企图夺取这块中国领土。
1870年，阿古柏率军来到迪化。一开始他说自己是来帮助中国剿匪的，邀请徐学功一起出兵攻打妥明。阿古柏还答应将迪化以南的城寨还给清廷。徐学功信以为真，派两千骑兵参战。
没想到阿古柏打下迪化后，很快就撕下了伪装，他要建立一个完全不同的哲德沙尔国，彻底把新疆分裂出去。徐学功当然不肯答应，与阿古柏展开了激烈的斗争。
徐学功联合周围的几支民团，频频打击阿古柏武装，使其始终无法建立起牢固的统治。驻防新疆的清军基本上已经溃散，只剩下这些民间力量坚持保卫国土和民众。而清廷还在争论海防和疆防哪个更为重要，收复新疆的决议迟迟无法做出。
在此期间，徐学功多次攻打迪化，收复了昌吉等城寨，给予阿古柏武装很大的打击。不仅如此，徐学功还消灭了一支伪装成商队的俄国军队，挫败了俄国入侵新疆腹地的阴谋。
俄国侵占外西北后，对新疆一直虎视眈眈。趁着阿古柏之乱，俄国派遣大量的商人和间谍进入新疆。1872年，徐学功在石河一带发现了一支俄国商队，经过摸底确信他们是俄军伪装的，目标是绥来城。
于是，徐学功用计将这支俄军分散开来，然后各个击破，缴获了大量的骆驼、马匹和货物。俄军对此暴跳如雷，但又无可奈何，不敢公然挑起战争，只能先记下徐学功的名字，等日后算账。
与阿古柏的战斗是长期而又艰险的，有一次徐学功外出，被阿古柏偷袭了南山老营，全家都不幸遇害，他兄弟八人如今只剩了徐学功一个。可他没有时间悲伤，埋葬好亲人，重整旗鼓，再次向阿古柏武装发起攻击。
徐学功等民团终于等到了左宗棠发兵新疆的消息，此时距离新疆大乱已有12年。左宗棠的湘军势如破竹，把阿古柏打得节节败退。这个外来政权原本就不得人心，朝廷大军一到，新疆人民纷纷响应。
徐学功的民团被改编为振武营，参加了收复玛纳斯城的战斗，击毙阿古柏的元帅何禄。新疆战事刚刚平息，俄国人又来找茬，要求惩治石河事件的主谋徐学功。清廷为了宁事息人，解除了徐学功的所有官职。
直到十三年后，徐学功才被重新启用，担任游击一职。1912年10月，这位守护中国国土，保护十余万百姓免遭屠戮，为国征战一生的老将，因病去世，享年69岁。