6月1日至5日，中国科学院第九次院士大会、中国工程院第四次院士大会在北京举行。1日，江泽民在会见部分院士时强调，知识经济的基本特征，就是知识不断创新，高新技术迅速产业化。而要加快知识创新，加快高新技术产业化，关键在人才，必须有一批又一批的优秀年轻人才脱颖而出。
6月3日，国务院召开全国粮食购销工作电视电话会议，朱镕基出席并发表重要讲话。他强调，推进粮食流通体制改革，做好当前粮食购销工作，重点是要“贯彻三项政策，加快自身改革”，即坚决贯彻按保护价敞开收购农民余粮、粮食收储企业实行顺价销售、农业发展银行收购资金封闭运行三项政策，加快国有粮食企业自身的改革。
6月8日至10日，中国共产党和日本共产 党有关方面负责人就实现两党关系正常化进行商谈。双方确认，通过这次会谈，两党之间存在的历史问题已经得到基本解决。双方一致同意两党实现关系正常化。
6月9日，中共中央、国务院发出《关于切实做好国有企业下岗职工基本生活保障和再就业工作的通知》。《通知》提出，当前和今后一个时期，主要解决国有企业下岗职工的基本生活保障和再就业问题，把保障他们的基本生活作为首要任务，并力争每年实现再就业的人数大于当年新增下岗职工人数，1998年使已下岗职工和当年新增下岗职工的50％以上实现再就业。争取用五年左右的时间，初步建立适应社会主义市场经济体制要求的社会保障体系和就业机制。
同日，国家科技教育领导小组举行首次会议，学习江泽民2月4日的有关批示。会议由国务院总理、国家科技教育领导小组组长朱容基主持。会议讨论并通过了国家科技教育领导小组职责、会议制度和办公室设置等事项，审议并原则通过了中国科学院关于开展“知识创新工程”试点的汇报提纲，讨论了本年实施科教兴国战略的工作要点和安排。
6月10日，据新华社报道，中共中央办公厅、国务院办公厅发出《关于在农村普遍实行村务公开和民主管理制度的通知》。《通知》指出，为了贯彻落实党的十五大关于扩大基层民主，保证人民群众直接行使民主权利的精神，推进农村基层民主建设，密切党群干群关系，促进农村的改革、发展和稳定，中央认为，有必要在全国农村普遍实行村务公开和民主管理制度。
6月19日，朱镕基主持召开国务院第二次全体会议。会议总结前阶段各部门“三定”(定职能，定’机构，定编制)方案的制定工作，对下一步实施“三定”方案的工作作出部署。朱镕 基在会上指出，各部门的“三定”方案已全部经国务院批准，机构改革进入了实施“三定”方案的攻坚阶段，必须加强领导，精心组织，周密部署，以改革的精神和高度的政治责任感，做好人员定岗和分流工作。
6月19日至25日，中国共产主义青年团第十四次全国代表大会在北京举行。江泽民等党和国家领导人到会祝贺。会议通过共青团十四大关于十三届中央委员会报告的决议、关于《中国共产主义青年团章程》(修正案)的决议，并选举产生新一届中央委员会。共青团十四届一中全会选举周强为团中央书记处第一书记。
6月22日，《人民日报》报道：经中共中央批准，中共中央金融工作委员会正式成立。金融机构系统党委同时成立。中央金融工委是党中央的派出机关。成立这一机关，是为了保证金融机构建立垂直领导的体制，保证金融安全、高效、稳健运行。温家宝担任中央金融工委书记。
6月22日至26日，第九届全国人大常委会第三次会议在北京举行。会议通过了执业医师法、专属经济区和大陆架法；通过了批准《中华人民共和国和蒙古国引渡条约》的决定和批准1997年中央决算的决议。 6月24日，中共中央发出《关于在全党深入学习邓小平理论的通知》。《通知》对学习邓小平理论的重要性和紧迫性作了充分的阐述，就如何把全党的理论学习提高到新水平，坚持以领导干部为重点带动全党的学习，加强对邓小平理论的研究和宣传，改进学风，加强对理论学习的领导等方面，提出了新的要求。《通知》指出，过去20年，我们党能够经受住国际国内各种各样的考验，领导人民把改革开放和社会主义现代化建设不断推向前进，从根本上说靠的是邓小平理论的指导，靠的是全党认真学习和实践这一理论。今后，我们要战胜可以预料和难以预料的各种困难和风险，不断取得建设有中国特色社会主义事业的新胜利，仍然要靠邓小平理论的指导，靠全党深入学习、认真实践这一理论。
6月25日至7月3日，美国总统克林顿对中国进行为期9天的国事访问。江泽民指出，中美元首实现互访，代表了两国人民的共同愿望，标志着两国关系进入一个新的发展阶段。克林顿表示，这次访问表明我们两国在致力于建立建设性战略伙伴关系方面取得的进展，也表明美国绝大多数人欢迎中美关系的改善和发展。
6月30日，由于6月中下旬长江发生1954年以来第二次全流域性洪水，国家防汛抗旱总指挥部发出《关于长江、淮河防汛抗洪工作的紧急通知》，要求各级领导立即上岗到位，切实负起防汛指挥的重任，迎战洪峰，战胜洪水。
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